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万見
- PDB-1ml9: Structure of the Neurospora SET domain protein DIM-5, a histone l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ml9
タイトルStructure of the Neurospora SET domain protein DIM-5, a histone lysine methyltransferase
要素Histone H3 methyltransferase DIM-5
キーワードTRANSFERASE / DIM-5 / AdoMet-dependent Methyltransferase Histone H3 Lysine-9 Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone methyltransferase activity / chromosome / double-stranded DNA binding / methylation / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Beta-clip-like / SET domain / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain ...: / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Beta-clip-like / SET domain / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / : / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific dim-5
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Zhang, X. / Tamaru, H. / Khan, S.I. / Horton, J.R. / Keefe, L.J. / Selker, E.U. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Structure of the Neurospora SET domain protein DIM-5, a histone H3 lysine methyltransferase
著者: Zhang, X. / Tamaru, H. / Khan, S.I. / Horton, J.R. / Keefe, L.J. / Selker, E.U. / Cheng, X.
履歴
登録2002年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02025年2月12日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3 methyltransferase DIM-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,92610
ポリマ－34,1121
非ポリマー8159
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.73, 81.56, 101.27
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone H3 methyltransferase DIM-5


分子量: 34111.551 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 17-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / プラスミド: pXC379 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: GenBank: 17063801, UniProt: Q8X225*PLUS, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 103.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 9.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
220 mMglycine1droppH9.8
3150 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
55 %glycerol1drop
60.600 mMAdoHcy1drop
71.1-1.2 Mammonium sulfate1reservoir
8100 mMsodium citrate1reservoirpH5.4-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.0332, 1.2834, 1.2830
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
21.28341
31.2831
反射解像度: 1.98→24.83 Å / Num. all: 20963 / Num. obs: 20963 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.37 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.98→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 1011 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
% possible obs: 97 % / Num. measured all: 112569 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.8 % / Rmerge(I) obs: 0.276

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
X-PLOR3.851精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.98→24.83 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2620 -RANDOM
Rwork0.205 ---
all-20963 --
obs-20963 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å / Luzzati d res low obs: 24.83 Å / Luzzati sigma a obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→24.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 0 3 117 2043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.72
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 342 -
Rwork0.266 --
obs-4258 67.5 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.72
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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