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- PDB-1ml4: The PALA-liganded Aspartate transcarbamoylase catalytic subunit f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ml4
タイトルThe PALA-liganded Aspartate transcarbamoylase catalytic subunit from Pyrococcus abyssi
要素Aspartate Transcarbamoylase
キーワードTRANSFERASE / BETA PLEATED SHEET / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Van Boxstael, S. / Cunin, R. / Maes, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Aspartate Transcarbamylase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus abyssi: Thermostability and 1.8A Resolution Crystal Structure of the Catalytic Subunit Complexed With the ...タイトル: Aspartate Transcarbamylase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus abyssi: Thermostability and 1.8A Resolution Crystal Structure of the Catalytic Subunit Complexed With the Bisubstrate Analogue N-Phosphonacetyl-L-aspartate.
著者: Van Boxstael, S. / Cunin, R. / Khan, S. / Maes, D.
履歴
登録2002年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate Transcarbamoylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2092
ポリマ－34,9541
非ポリマー2551
水1,38777
1
A: Aspartate Transcarbamoylase
ヘテロ分子

A: Aspartate Transcarbamoylase
ヘテロ分子

A: Aspartate Transcarbamoylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6286
ポリマ－104,8633
非ポリマー7653
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Aspartate Transcarbamoylase
ヘテロ分子

A: Aspartate Transcarbamoylase
ヘテロ分子

A: Aspartate Transcarbamoylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6286
ポリマ－104,8633
非ポリマー7653
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.095, 81.095, 141.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

21A-404-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated by the operations : -Y,X-Y,Z and -X+Y,-X,Z

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要素

#1: タンパク質 Aspartate Transcarbamoylase / Aspartate carbamoyltransferase


分子量: 34954.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: PyrB / プラスミド: Ptrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600ATC- / 参照: UniProt: P77918, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PAL / N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID


分子量: 255.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10NO8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: citric acid, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 8.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH8.2
32 mMbeta-mercaptoethanol1drop
4300 mM1dropNaCl
51.4 Mcitrate1reservoirpH6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.84
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月24日
放射モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.84 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 29667 / Num. obs: 29667 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.38 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 10.69
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.91 / Num. unique all: 2958 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 93
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 70669 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 93 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb 1EKX

1ekx


解像度: 1.8→25 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS VERSION FOR HEMIHEDRAL TWINNED DATA
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2651 -RANDOM
Rwork0.172 ---
all0.176 28560 --
obs0.176 28560 88.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.639 Å2-3.45 Å20 Å2
2---4.639 Å20 Å2
3---9.279 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2450 0 16 77 2543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0066
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5562.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.860.28162510.2924X-RAY DIFFRACTION278687.6
1.86-1.940.28672880.2586X-RAY DIFFRACTION289989.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.2118 / Rfactor Rwork: 0.1718
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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