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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mky | ||||||
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タイトル | Structural Analysis of the Domain Interactions in Der, a Switch Protein Containing Two GTPase Domains | ||||||
![]() | Probable GTP-binding protein engA | ||||||
![]() | LIGAND BINDING PROTEIN / GTPase / EngA / Der / KH-Domain / tandem G-domains | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Robinson, V.L. / Hwang, J. / Fox, E. / Inouye, M. / Stock, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Domain Arrangement of Der, a Switch Protein Containing Two GTPase Domains 著者: Robinson, V.L. / Hwang, J. / Fox, E. / Inouye, M. / Stock, A.M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: An essential GTPase, der, containing double GTP-binding domains from Escherichia coli and Thermotoga maritima. 著者: Hwang, J. / Inouye, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 830.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 835.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50537.117 Da / 分子数: 1 / 断片: two GTPase domains / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: probable GTPase 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET17b / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GDP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 詳細: sodium phosphate, potassium phosphate, 3-(cyclohexylamino)-1-propane sulphonic acid (CAPS), pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, temperature 298K, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月4日 |
放射 | モノクロメーター: crystal monochromator + Si mirrors プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→19.07 Å / Num. all: 71418 / Num. obs: 69719 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 26.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 8929 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 93.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 44093 / Num. measured all: 465562 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.01 Å / % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.344 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.39 Å2 / Baniso 11: 6.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0.009
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.01 Å / Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.239 |