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- PDB-1mkl: NMR REFINED STRUCTURE OF THE 8,9-DIHYDRO-8-(N7-GUANYL)-9-HYDROXY-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mkl
タイトルNMR REFINED STRUCTURE OF THE 8,9-DIHYDRO-8-(N7-GUANYL)-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1 ADDUCT IN A 5'-CPAFBG-3' SEQUENCE
要素
  • 5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3'
キーワードDNA / Structure of the 8 / 9-Dihydro-8-(N7-guanyl)-9-hydroxy-aflatoxin B1 Adduct in a 5'-CpAFBG-3' Sequence context
機能・相同性8,9-DIHYDRO-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1 / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / Data was processed using felix 97. The NOE intensities were converted to distance using RANMARDI module of MARDIGRAS. Starting structures were built using InsightII. XPLOR was used for structural refinement. Final averaged structure was solvated using AMBER., MD simulated annealing was performed in presence of counter ions using SANDER protocol. The back calculations were performed using CORMA.
データ登録者Giri, I. / Jenkins, M.D. / Schnetz-Boutaud, N.C. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 2002
タイトル: Structural refinement of the 8,9-dihydro-8-(N7-guanyl)-9-hydroxy-aflatoxin B(1) adduct in a 5'-Cp(AFB)G-3' sequence.
著者: Giri, I. / Jenkins, M.D. / Schnetz-Boutaud, N.C. / Stone, M.P.
履歴
登録2002年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年1月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_planes / struct_asym / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref.pdbx_align_begin
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4183
ポリマ－6,0882
非ポリマー3301
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1simulated annealing structure, calculaed starting from energy minmized averaged structure from 20 final structures. the enrgy minimized structure was solvated, and md simulation annealing was performed in presence of counter ions

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*T)-3'


分子量: 3003.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3'


分子量: 3084.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-AFN / 8,9-DIHYDRO-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1


分子量: 330.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14O7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID溶媒系
199.999% D2O
290% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.5 mL of 0.01 M sodium phosphate buffer containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA at pD 7.2, in 99.999% D2O 7.2 1 atm283 K
20.5 mL of 0.01 M sodium phosphate buffer containing 0.1 M NaCl and 0.05 mM Na2EDTA at pH 7.2, in 9:1 H2O:D2O 7.2 1 atm283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3Brukercollection
Felix97Accelrys Inc.解析
MARDIGRAS5.2Borgias, B. A., and James, T. L. (1990) MARDIGRAS- -a procedure for matrix analysis of relaxation for discerning geometry of an aqueous structure. J. Magn. Reson. 87, 475-487データ解析
X-PLOR3.851A.T.Brunger精密化
CORMA5.2Keepers, J. W., and James, T. L. (1984)J. Magn. Reson. 87, 475-487.iterative matrix relaxation
Amber6Case, D. A., and Pearlman C. A., et al. (1999) Amber 6.0, University of California, San Francisco, CA.構造決定
精密化手法: Data was processed using felix 97. The NOE intensities were converted to distance using RANMARDI module of MARDIGRAS. Starting structures were built using InsightII. XPLOR was used for ...手法: Data was processed using felix 97. The NOE intensities were converted to distance using RANMARDI module of MARDIGRAS. Starting structures were built using InsightII. XPLOR was used for structural refinement. Final averaged structure was solvated using AMBER., MD simulated annealing was performed in presence of counter ions using SANDER protocol. The back calculations were performed using CORMA.
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 341 distance retraints, 38 empirical H-bond restraints, 17 sugar pucker restraints, and 89 empirical torsion angle restraints
代表構造選択基準: simulated annealing structure, calculaed starting from energy minmized averaged structure from 20 final structures. the enrgy minimized structure was solvated, and md simulation ...選択基準: simulated annealing structure, calculaed starting from energy minmized averaged structure from 20 final structures. the enrgy minimized structure was solvated, and md simulation annealing was performed in presence of counter ions
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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