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- PDB-1mkc: C-TERMINAL DOMAIN OF MIDKINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mkc
タイトルC-TERMINAL DOMAIN OF MIDKINE
要素PROTEIN (MIDKINE)
キーワードHEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


defecation / cerebellar granular layer development / positive regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of neutrophil extravasation / regulation of chondrocyte differentiation / glial cell projection elongation / positive regulation of artery morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / chondroitin sulfate binding ...defecation / cerebellar granular layer development / positive regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of neutrophil extravasation / regulation of chondrocyte differentiation / glial cell projection elongation / positive regulation of artery morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / chondroitin sulfate binding / positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of keratinocyte proliferation / regulation of bone remodeling / regulation of behavior / positive regulation of cartilage development / MDK and PTN in ALK signaling / negative regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / tissue regeneration / response to auditory stimulus / T cell activation involved in immune response / positive regulation of neuron migration / short-term memory / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of leukocyte chemotaxis / dentate gyrus development / negative regulation of cell adhesion / positive regulation of neural precursor cell proliferation / heparan sulfate binding / positive regulation of blood vessel branching / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / negative regulation of ossification / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Signaling by ALK / adrenal gland development / oogenesis / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell division / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / behavioral fear response / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / estrous cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of interleukin-12 production / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / positive regulation of cell adhesion / growth factor activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / response to wounding / positive regulation of inflammatory response / nervous system development / heparin binding / negative regulation of neuron apoptotic process / cell differentiation / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heparin-binding Growth Factor, Midkine; Chain A, C-terminal Domain; / Heparin-binding Growth Factor, Midkine; Chain A- C-terminal Domain / Pleiotrophin/Midkine heparin-binding growth factor, conserved site / PTN/MK heparin-binding protein family signature 1. / PTN/MK heparin-binding protein family signature 2. / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily ...Heparin-binding Growth Factor, Midkine; Chain A, C-terminal Domain; / Heparin-binding Growth Factor, Midkine; Chain A- C-terminal Domain / Pleiotrophin/Midkine heparin-binding growth factor, conserved site / PTN/MK heparin-binding protein family signature 1. / PTN/MK heparin-binding protein family signature 2. / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain superfamily / PTN/MK heparin-binding protein family, C-terminal domain / PTN/MK heparin-binding protein family, N-terminal domain / Pleiotrophin / midkine family / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Iwasaki, W. / Nagata, K. / Hatanaka, H. / Ogura, K. / Inui, T. / Kimura, T. / Muramatsu, T. / Yoshida, K. / Tasumi, M. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of midkine, a new heparin-binding growth factor.
著者: Iwasaki, W. / Nagata, K. / Hatanaka, H. / Inui, T. / Kimura, T. / Muramatsu, T. / Yoshida, K. / Tasumi, M. / Inagaki, F.
履歴
登録1999年3月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MIDKINE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8491
ポリマ－4,8491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (MIDKINE)


分子量: 4848.589 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NATURALLY FOUND IN HOMO SAPIENS (HUMAN).
参照: UniProt: P21741
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
NMR実験の詳細Text: MEAN STRUCTURE.

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS 600 / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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