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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mjw | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE MUTANT D42N | ||||||
![]() | INORGANIC PYROPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / ACID ANHYDRIDE HYDROLASE / MUTATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() inorganic triphosphate phosphatase activity / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Oganesyan, V. / Harutyunyan, E.H. / Avaeva, S.M. / Samygina, V.R. / Huber, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structures of mutant forms of E. coli inorganic pyrophosphatase with Asp-->Asn single substitution in positions 42, 65, 70, and 97. 著者: Avaeva, S.M. / Rodina, E.V. / Vorobyeva, N.N. / Kurilova, S.A. / Nazarova, T.I. / Sklyankina, V.A. / Oganessyan, V.Y. / Samygina, V.R. / Harutyunyan, E.H. #1: ![]() タイトル: X-Ray Crystallographic Studies of Recombinant Inorganic Pyrophosphatase from Escherichia Coli 著者: Oganessyan, V.Yu. / Kurilova, S.A. / Vorobyeva, N.N. / Nazarova, T.I. / Popov, A.N. / Lebedev, A.A. / Avaeva, S.M. / Harutyunyan, E.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 382.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 390 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.504235, -0.862655, 0.039672), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19596.348 Da / 分子数: 2 / 変異: D42N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子 (発現宿主): PYROPHOSPHATASE FROM ESCHERICHIA COLI 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Avaeva, S., (1997) FEBS Lett., 410, 502. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 25910 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 259100 / Num. measured all: 2581560 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.95→15 Å / σ(F): 1 詳細: ESTIMATED COORD. ERROR 0.25 ANGSTROMS FINAL RMS COORD. SHIFT 0.002 ANGSTROMS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 259100 / Rfactor obs: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |