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万見
- PDB-1mjb: Crystal structure of yeast Esa1 histone acetyltransferase E338Q m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mjb
タイトルCrystal structure of yeast Esa1 histone acetyltransferase E338Q mutant complexed with acetyl coenzyme A
要素Esa1 protein
キーワードTRANSFERASE / Esa1 / histone acetyltransferases / HAT / MYST
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / piccolo histone acetyltransferase complex / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / DNA-templated transcription elongation / histone H4 acetyltransferase activity / protein N-acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation ...DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / piccolo histone acetyltransferase complex / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / DNA-templated transcription elongation / histone H4 acetyltransferase activity / protein N-acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / protein-lysine-acetyltransferase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of macroautophagy / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / nucleosome / regulation of cell cycle / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
N-acetyl transferase-like / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 ...N-acetyl transferase-like / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Histone acetyltransferase ESA1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yan, Y. / Harper, S. / Speicher, D. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: The catalytic mechanism of the ESA1 histone acetyltransferase involves a self-acetylated intermediate.
著者: Yan, Y. / Harper, S. / Speicher, D.W. / Marmorstein, R.
履歴
登録2002年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esa1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1972
ポリマ－33,3871
非ポリマー8101
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Esa1 protein
ヘテロ分子

A: Esa1 protein
ヘテロ分子

A: Esa1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5916
ポリマ－100,1623
非ポリマー2,4293
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area8430 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area39930 Å2
手法PISA
3
A: Esa1 protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,18212
ポリマ－200,3256
非ポリマー4,8576
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
crystal symmetry operation38_555-y+1/4,-x+1/4,-z+1/41
crystal symmetry operation42_454-x-1/4,z+1/4,y-1/41
crystal symmetry operation46_455z-1/4,-y+3/4,x+1/41
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)181.783, 181.783, 181.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 Esa1 protein / Esa1 histone acetyltransferase


分子量: 33387.430 Da / 分子数: 1 / 断片: Histone acetyltransferase domain (Residues 160-445) / 変異: E338Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YOR244W / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(lysS) / 参照: UniProt: Q08649
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.2 mMprotein1drop
20.5 mMAc-CoA1drop
3100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
41.5-1.7 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 17458 / Num. obs: 17458 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1701 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 18056 / Num. measured all: 162442 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.291

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FY7

1fy7


解像度: 2.5→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1731 -random
Rwork0.229 ---
all0.232 17447 --
obs0.232 17447 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2312 0 51 90 2453
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.52 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.288 61
Rwork0.283 -
obs-505
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2aco.par
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.232 / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.222
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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