PDB-1mj4: Crystal Structure Analysis of the cytochrome b5 domain of human s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mj4

タイトル

Crystal Structure Analysis of the cytochrome b5 domain of human sulfite oxidase

要素

sulfite oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome b5 / Heme / sulfite oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfite oxidase / Sulfide oxidation to sulfate / sulfite oxidase activity / sulfur compound metabolic process / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Johnson, J.L. / Rajagopalan, K.V. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: The 1.2 A structure of the human sulfite oxidase cytochrome b(5) domain.
著者: Rudolph, M.J. / Johnson, J.L. / Rajagopalan, K.V. / Kisker, C.

履歴

登録	2002年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mj4.cif.gz	53.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mj4.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/1mj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/1mj4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sox
類似構造データ	1lr6-d 2bkf-d 2mx0-d 4oas-2 1j0q-d 1u9m-3 6nlq-1 3lbl-2 7bmg-d 4erf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: sulfite oxidase

ヘテロ分子

9.89 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.899, 35.447, 26.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.78, 90.00
Int Tables number	5
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	sulfite oxidase / E.C.1.8.3.1 分子量: 9087.128 Da / 分子数: 1 / 断片: cytochrome b5 domain, residues 22-103 of SWS P51687 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51687, sulfite oxidase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.31 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulfate and Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	1.5 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	Tris	1	reservoir	pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月1日
放射	モノクロメーター: platinum / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 120723 / Num. obs: 120114 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.2→1.24 Å / % possible all: 88
反射	PLUS 最高解像度: 1.2 Å / Num. obs: 28384 / 冗長度: 2.2 % / Num. measured all: 63140 / R_merge(I) obs*: 0.089
反射シェル	PLUS % possible obs: 88 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs*: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.13855	1378	5 %	RANDOM
R_work	0.11845	-	-	-
all	0.1195	27496	-	-
obs	0.1195	26118	96.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0 Å²	0.23 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	617	0	54	117	788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.021	688
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.186	2.144	949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.108	3	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.504	5	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.022	0.02	124
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.739	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.278	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.098	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.342	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.257	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.282	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.426	1.5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.552	2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.069	3	295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.647	4.5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.427	2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	9.026	2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.493	2	665
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.023	0.021	688
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	2.186	2.144	949

LS精密化シェル

解像度: 1.202→1.233 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.335	87
R_work	0.307	1629

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 26112 / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.137 / R_factor R_work: 0.107

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	2.18	2.144
X-RAY DIFFRACTION	p_dihedral_angle_d	3.58
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.013

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関連情報:EMDBヘッダ

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