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- PDB-1mj0: SANK E3_5: an artificial Ankyrin repeat protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mj0
タイトルSANK E3_5: an artificial Ankyrin repeat protein
要素SANK E3_5 Protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / Ankyrin repeat / protein engineering / consensus
機能・相同性Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Designed synthetic gene (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.031 Å
データ登録者Kohl, A. / Binz, H.K. / Forrer, P. / Stumpp, M.T. / Plueckthun, A. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Designed to be stable: Crystal structure of a consensus ankyrin repeat protein
著者: Kohl, A. / Binz, H.K. / Forrer, P. / Stumpp, M.T. / Plueckthun, A. / Gruetter, M.G.
履歴
登録2002年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SANK E3_5 Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0534
ポリマ－17,7391
非ポリマー3143
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.864, 47.360, 47.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-323-

HOH

21A-324-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SANK E3_5 Protein


分子量: 17738.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Designed synthetic gene (人工物) / プラスミド: pQE30 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 blue / 参照: GenBank: 28274847
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PEG 4000, Li2SO4, NH4OAc, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris-HCl1droppH8.0
2150 mM1dropNaCl
39 mg/mlprotein1drop
416-22 %PEG40001reservoir
50.2 M1reservoirLi2SO4
60.1 M1reservoirpH4.6-5.0NH4OAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月25日
放射モノクロメーター: Mirror, Biophysics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→20 Å / Num. all: 11291 / Num. obs: 11091 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 48.8 / Num. unique all: 917 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 83.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.03 Å / Num. obs: 11291 / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 173985 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.8 % / Rmerge(I) obs: 0.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AWC

1awc


解像度: 2.031→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 7.445 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22971 1140 10.3 %RANDOM
Rwork0.17917 ---
obs0.18432 9924 99.45 %-
all-11091 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.984 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.031→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 18 178 1390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.9691639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0973162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95915189
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2710.3668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.5121
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.343
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.512
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2431.5783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04721245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5653417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3724.5394
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.031→2.083 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.294 54
Rwork0.197 685
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.926

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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