PDB-1miy: Crystal structure of Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzym...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1miy

タイトル

Crystal structure of Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzyme in complex with CTP

要素

tRNA CCA-adding enzyme

キーワード

TRANSLATION / TRANSFERASE / CCA-adding enzyme / tRNA nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

CCA tRNA nucleotidyltransferase / CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.52 Å

データ登録者

Li, F. / Xiong, Y. / Wang, J. / Cho, H.D. / Weiner, A.M. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of the Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzyme and its complexes with ATP or CTP
著者: Li, F. / Xiong, Y. / Wang, J. / Cho, H.D. / Tomita, K. / Weiner, A.M. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2002年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1miy.cif.gz	166 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1miy.ent.gz	132.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1miy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1miy_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1miy_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	1miy_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	1miy_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1miy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1miy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mivC 1miwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1miv-d 1miw-d 5dsg-d 3nag-1 2470 4umk-1 6uja-d 3ieg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA CCA-adding enzyme

B: tRNA CCA-adding enzyme

ヘテロ分子

91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.552, 105.552, 182.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Cell setting	trigonal
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: CYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 404 / Label seq-ID: 1 - 404

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	tRNA CCA-adding enzyme 分子量: 45433.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIB1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.95 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5 / 詳細: NaCl, Tris, MgCl2, pH 7.5, MICRODIALYSIS at 277K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	8 mg/ml	protein	1	1
2	50 mM	Tris	1	2	pH7.5
3	200 mM		1	2		NaCl
4	10 mM		1	2		MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 15352 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 10.14 % / R_merge(I) obs: 0.048 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 32.6
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all*: 155697
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs*: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.1.17	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.52→81.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.813 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.755 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33125	1518	10.1 %	RANDOM
R_work	0.28644	-	-	-
all	0.29104	-	-	-
obs	0.29104	13534	99.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.579 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.72 Å²	-1.36 Å²	0 Å²
2-	-	-2.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.52→81.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6224	0	62	34	6320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	6420
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.46	1.968	8704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.57	5	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.28	0.2	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.288	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 3160 / タイプ: tight positional / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.52→3.712 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.368	213
R_work	0.32	1902

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4836	3.795	1.4832	3.6053	0.5934	9.5011	-0.5184	-0.3118	0.7856	0.0825	0.3083	-0.5423	-0.5322	-0.143	0.2101	0.804	-0.2887	-0.0248	1.0383	0.0902	0.5074	2.4427	22.9436	40.764
2	8.4016	3.0204	-2.779	1.9748	-0.9825	3.3988	-0.6637	0.7341	0.6337	-0.62	0.652	0.1549	-0.729	-0.4458	0.0118	1.1507	-0.4958	-0.1169	0.4517	0.2837	0.5284	15.7233	38.34	17.3141
3	15.1231	7.3346	1.1781	12.8179	5.8578	12.3594	0.2895	0.6226	0.2114	-0.1309	-0.4876	0.2871	0.3659	0.1375	0.198	0.9327	-0.534	0.201	0.5434	0.0969	0.4647	55.009	51.8642	15.3979
4	4.8146	-0.4421	0.8406	3.2549	-0.6166	12.0281	-0.3349	0.0302	0.4513	-0.3103	0.1461	-0.4259	-1.1282	0.3718	0.1888	0.7891	-0.3597	0.0202	1.1809	0.1148	1.1139	31.3332	38.5778	50.3621
5	4.9985	2.8163	-1.8976	5.9947	-1.2378	3.0296	0.2197	-0.576	0.4601	0.1279	-0.3868	0.2246	-1.3043	-0.2111	0.1671	0.6177	0.4194	-0.1245	1.1614	-0.0508	0.5618	11.8357	34.7805	74.2041
6	13.2283	6.6123	2.6978	7.1473	2.3932	6.8968	-0.0926	0.1297	0.8627	1.0816	-0.1009	0.3926	-0.847	-0.6899	0.1935	0.2529	0.2956	0.0201	1.439	0.2088	0.9456	-19.7815	7.8563	76.4483

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5501 - 5611
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	5614
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	147 - 340
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	5801 - 5807
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	341 - 404
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	5901 - 5902
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	6614
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	6501 - 6611
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	147 - 340
12	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6801 - 6807
13	X-RAY DIFFRACTION	6	B	341 - 404
14	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6901 - 6902

精密化

*PLUS

最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.331 / R_factor R_work: 0.286

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_work: 0.32

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関連情報:EMDBヘッダ

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