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- PDB-1mii: SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN MII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mii
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN MII
要素PROTEIN (ALPHA CONOTOXIN MII)
キーワードHYDROLASE / NEUROTOXIN / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin MII
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hill, J.M. / Oomen, C.J. / Miranda, L.P. / Bingham, J.P. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional solution structure of alpha-conotoxin MII by NMR spectroscopy: effects of solution environment on helicity.
著者: Hill, J.M. / Oomen, C.J. / Miranda, L.P. / Bingham, J.P. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Three-Dimensional Solution Structure of Alpha-Conotoxin MII, an Alpha3Beta2 Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptor-Targeted Ligand
著者: Shon, K.J. / Koerber, S.C. / Rivier, J.E. / Olivera, B.M. / Mcintosh, J.M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: A New Alpha-Conotoxin which Targets Alpha3Beta2 Nicotinic Acetylcholine Receptors
著者: Cartier, G.E. / Yoshikami, D. / Gray, W.R. / Luo, S. / Olivera, B.M. / Mcintosh, J.M.
履歴
登録1998年10月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ALPHA CONOTOXIN MII)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7161
ポリマ－1,7161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LOWEST ENERGIES AND LEAST NUMBER OF RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (ALPHA CONOTOXIN MII)


分子量: 1715.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P56636, lysozyme
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121E-COSY
131TOCSY
141NOESY

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試料調製

試料状態pH: 3.9 / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX 750 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX 750 / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED USING A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL WITH THE PROGRAM X-PLOR. THESE STRUCTURES WERE THEN ENERGY MINIMIZED USING 1000 CYCLES OF CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION WITH ...詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED USING A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL WITH THE PROGRAM X-PLOR. THESE STRUCTURES WERE THEN ENERGY MINIMIZED USING 1000 CYCLES OF CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION WITH A REFINED FORCEFIELD BASED ON THE PROGRAMM CHARMM
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGIES AND LEAST NUMBER OF RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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