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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mi3 | ||||||
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タイトル | 1.8 Angstrom structure of xylose reductase from Candida tenuis in complex with NAD | ||||||
![]() | xylose reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase / beta-alpha barrel / dimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-xylose reductase [NAD(P)H] / D-xylose reductase (NADPH) activity / D-xylose catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kavanagh, K.L. / Klimacek, M. / Nidetzky, B. / Wilson, D.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of xylose reductase bound to NAD+ and the basis for single and dual co-substrate specificity in family 2 aldo-keto reductases 著者: Kavanagh, K.L. / Klimacek, M. / Nidetzky, B. / Wilson, D.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 277.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 224.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36062.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 32% PEG-ME 5K, 350 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 164527 / Num. obs: 162718 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 162716 / Num. measured all: 728917 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.02 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: unpublished model of XR mutant 解像度: 1.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 154541 / Rfactor Rfree: 0.212 / Rfactor Rwork: 0.183 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.7 |