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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mho | ||||||
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タイトル | THE 2.0 A STRUCTURE OF HOLO S100B FROM BOVINE BRAIN | ||||||
要素 | S-100 PROTEIN | ||||||
キーワード | CALCIUM-BINDING / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding ...Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding / phosphorylation / axonogenesis / astrocyte activation / tau protein binding / calcium-dependent protein binding / regulation of translation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / learning or memory / cell adhesion / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Matsumura, H. / Shiba, T. / Inoue, T. / Harada, S. / Yasushi, K.A.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: A novel mode of target recognition suggested by the 2.0 A structure of holo S100B from bovine brain. 著者: Matsumura, H. / Shiba, T. / Inoue, T. / Harada, S. / Kai, Y. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: The Refined Structure of Vitamin D-Dependent Calcium-Binding Protein from Bovine Intestine. Molecular Details, Ion Binding, and Implications for the Structure of Other Calcium-Binding Proteins 著者: Szebenyi, D.M. / Moffat, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mho.cif.gz | 31.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mho.ent.gz | 20.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mho.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/1mho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/1mho | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10154.402 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P02638 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, pH 8.0, vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月2日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 6282 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 27.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.171 / % possible all: 91.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 17098 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: VITAMIN D-DEPENDENT CALCIUM-BINDING PROTEIN FROM BOVINE INTESTINE 解像度: 2→10 Å
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |