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万見
- PDB-1mhm: Crystal structure of S-adenosylmethionine decarboxylase from potato -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mhm
タイトルCrystal structure of S-adenosylmethionine decarboxylase from potato
要素(S-adenosylmethionine decarboxylaseAdenosylmethionine decarboxylase) x 2
キーワードLYASE (リアーゼ) / covalent pyruvoyl group
機能・相同性
機能・相同性情報


: / spermine biosynthetic process / adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / spermidine biosynthetic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site / Adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase signature. / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, core / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / 4-Layer Sandwich ...S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site / Adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase signature. / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, core / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bennett, E.M. / Ekstrom, J.L. / Pegg, A.E. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Monomeric S-Adenosylmethionine Decarboxylase from Plants Provides an Alternative to Putrescine Stimulation
著者: Bennett, E.M. / Ekstrom, J.L. / Pegg, A.E. / Ealick, S.E.
履歴
登録2002年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: S-adenosylmethionine decarboxylase
A: S-adenosylmethionine decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7692
ポリマ－39,7692
非ポリマー00
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.650, 71.640, 72.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase / Adenosylmethionine decarboxylase / AdoMetDC / SamDC


分子量: 7886.826 Da / 分子数: 1 / 断片: beta chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q04694, adenosylmethionine decarboxylase
#2: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase / Adenosylmethionine decarboxylase / AdoMetDC / SamDC


分子量: 31882.322 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q04694, adenosylmethionine decarboxylase
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: trisodium citrate, isopropanol, PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 Mtrisodium citrate dihydrate1reservoirpH5.6
220 %(v/v)2-propanol1reservoir
320 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→99 Å / Num. all: 20754 / Num. obs: 18907 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rsym value: 0.409 / % possible all: 79.1
反射
*PLUS
Num. obs: 17049 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.26 Å / 最低解像度: 2.37 Å / % possible obs: 69.6 % / 冗長度: 2.8 % / Num. unique obs: 1084 / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.284 710 random
Rwork0.218 --
all-14658 -
obs-14658 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 0 0 84 2444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3978 59
Rwork0.289 -
obs-1240
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3pyru.param
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.398 / Num. reflection Rfree: 61 / Num. reflection obs: 1070

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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