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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mh1 | ||||||
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タイトル | SMALL G-PROTEIN | ||||||
要素 | RAC1 | ||||||
キーワード | GTP-BINDING / GTPASE / SMALL G-PROTEIN / RHO FAMILY / RAS SUPER FAMILY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / Inactivation of CDC42 and RAC1 ...regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / Inactivation of CDC42 and RAC1 / NADPH oxidase complex / engulfment of apoptotic cell / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of fibroblast migration / cell projection assembly / RHO GTPases activate CIT / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / Nef and signal transduction / PCP/CE pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of nitric oxide biosynthetic process / RHO GTPases activate KTN1 / Activation of RAC1 / motor neuron axon guidance / regulation of lamellipodium assembly / Azathioprine ADME / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / regulation of cell size / establishment or maintenance of cell polarity / DSCAM interactions / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / localization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / anatomical structure morphogenesis / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / cell chemotaxis / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / G protein activity / Signal transduction by L1 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / cell motility / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament organization / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / neuron migration / MAPK6/MAPK4 signaling / trans-Golgi network / Signaling by SCF-KIT / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / response to wounding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / recycling endosome membrane / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / melanosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å | ||||||
データ登録者 | Hirshberg, M. / Stockley, R.W. / Dodson, G. / Webb, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: The crystal structure of human rac1, a member of the rho-family complexed with a GTP analogue. 著者: Hirshberg, M. / Stockley, R.W. / Dodson, G. / Webb, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mh1.cif.gz | 56.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mh1.ent.gz | 39 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mh1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mh1_validation.pdf.gz | 454 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mh1_full_validation.pdf.gz | 457.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mh1_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mh1_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/1mh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/1mh1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 821pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20512.697 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1 - 184 / 変異: M1P, F78S / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COMPLEXED WITH GUANOSINE-5'-(BETA,GAMMA-IMIDO) TRIPHOSPHATE (GPPNP) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHO / 遺伝子 (発現宿主): RHO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 101 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 日付: 1994年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→51.3 Å / Num. obs: 42134 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.44 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 98.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 312780 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 821P 解像度: 1.38→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.175 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 15.3 Å2 | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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