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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mgr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RNase Sa3,cytotoxic microbial ribonuclease | ||||||
![]() | Guanyl-specific ribonuclease Sa3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha/beta protein / UB rolls | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sevcik, J. / Urbanikova, L. / Leland, P.A. / Raines, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Links X-ray Structure of Two Crystalline Forms of a Streptomycete Ribonuclease with Cytotoxic Activity 著者: Sevcik, J. / Urbanikova, L. / Leland, P.A. / Raines, R.T. #1: ![]() タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of two crystal forms of ribonuclease Sa3 著者: Hlinkova, V. / Urbanikova, L. / Krajcikova, D. / Sevcik, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11057.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CCM3239 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: sodium acetate, calcium acetate, acetic acid, MPD, ammonium sulphate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月27日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 10355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 47.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.71 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 14 / Num. unique all: 257 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1RGG 解像度: 1.7→20 Å / SU B: 6.736 / SU ML: 0.116 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.9 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.71 Å /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Rfactor Rwork: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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