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万見
- PDB-1mfz: Partially refined 2.8 A Crystal structure of GDP-mannose dehydrog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mfz
タイトルPartially refined 2.8 A Crystal structure of GDP-mannose dehydrogenase from P. aeruginosa
要素GDP-mannose 6-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / domain-swapped dimer / enzyme complex with cofactor and product
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-mannose 6-dehydrogenase / GDP-mannose 6-dehydrogenase activity / alginic acid biosynthetic process / single-species biofilm formation / response to osmotic stress / cellular response to cell envelope stress / NAD binding
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose 6-dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain ...GDP-mannose 6-dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GDX / GDP-mannose 6-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of GDP-mannose dehydrogenase: A key enzyme in alginate biosynthesis of P. aeruginosa
著者: Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Allosterism and cooperativity in Pseudomonas aeruginosa GDP-mannose dehydrogenase
著者: Naught, L.E. / Gilbert, S. / Imhoff, R. / Snook, C. / Beamer, L. / Tipton, P.
履歴
登録2002年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal_grow / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-mannose 6-dehydrogenase
B: GDP-mannose 6-dehydrogenase
C: GDP-mannose 6-dehydrogenase
D: GDP-mannose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,7918
ポリマ－192,3144
非ポリマー2,4774
水1,910106
1
A: GDP-mannose 6-dehydrogenase
B: GDP-mannose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3964
ポリマ－96,1572
非ポリマー1,2392
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14240 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area30520 Å2
手法PISA
2
C: GDP-mannose 6-dehydrogenase
D: GDP-mannose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3964
ポリマ－96,1572
非ポリマー1,2392
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14070 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area30860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.173, 136.834, 218.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
GDP-mannose 6-dehydrogenase / GMD


分子量: 48078.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: AlgD / プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11759, GDP-mannose 6-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-GDX / GUANOSINE 5'-(TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE), P'-D-MANNOPYRANOSYL ESTER / グアノシン5′-[二りん酸β-(α-D-マンノピラヌロノシル)]


分子量: 619.325 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H23N5O17P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG 3350, 20% isopropanol, 0.1 M Na citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMHEPES1droppH7.5
21.0 mMdithiothreitol1drop
37.5 mg/mlprotein1drop
410 %PEG33501reservoir
520 %2-propanol1reservoir
60.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic confocal
放射モノクロメーター: Osmic confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→94.691 Å / Num. obs: 48049 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 4322 / % possible all: 90
反射
*PLUS
Num. measured all: 151736
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→40 Å / SU B: 14.6806 / SU ML: 0.30112 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.40486 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26325 2429 5.1 %RANDOM
Rwork0.20361 ---
all0.20656 ---
obs0.2065 45582 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.708 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13017 0 160 106 13283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.303
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.082
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.004
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.35 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 157 -
obs-2937 100 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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