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- PDB-1mfr: CRYSTAL STRUCTURE OF M FERRITIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mfr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF M FERRITIN
要素M FERRITIN
キーワードIRON STORAGE / DIIRON
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin, middle subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rana catesbeiana (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ha, Y. / Shi, D. / Allewell, N.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of bullfrog M ferritin at 2.8 A resolution: analysis of subunit interactions and the binuclear metal center
著者: Ha, Y. / Shi, D. / Small, W. / Theil, E.C. / Allewell, N.M.
履歴
登録1998年6月18日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M FERRITIN
B: M FERRITIN
C: M FERRITIN
D: M FERRITIN
E: M FERRITIN
F: M FERRITIN
G: M FERRITIN
H: M FERRITIN
I: M FERRITIN
J: M FERRITIN
K: M FERRITIN
L: M FERRITIN
M: M FERRITIN
N: M FERRITIN
O: M FERRITIN
P: M FERRITIN
Q: M FERRITIN
R: M FERRITIN
S: M FERRITIN
T: M FERRITIN
U: M FERRITIN
V: M FERRITIN
W: M FERRITIN
X: M FERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)496,12372
ポリマ－494,95624
非ポリマー1,16748
水23,7801320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area93220 Å2
ΔGint-579 kcal/mol
Surface area126100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.800, 210.800, 328.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.351792, -0.854538, -0.38211), (0.14777, 0.352388, -0.924114), (0.924341, -0.38156, 0.002307)61.6025, 208.02049, 237.7778
2given(-0.353156, 0.146268, 0.92406), (-0.853753, 0.353542, -0.382248), (-0.382605, -0.923912, 2.2E-5)-228.5768, 70.0933, 215.35339
3given(0.038685, -0.956361, -0.289615), (0.994944, 0.009982, 0.099937), (-0.092684, -0.292017, 0.951912)85.4528, 160.8028, 33.3215
4given(-0.923193, 0.040483, -0.3822), (0.038856, -0.979511, -0.197607), (-0.382369, -0.19728, 0.902704)-75.128, 251.1022, 11.0147
5given(0.038678, 0.995105, -0.090943), (-0.955615, 0.010234, -0.294441), (-0.292069, 0.098294, 0.951333)-160.37801, 90.0731, -22.9895
6given(-0.423229, -0.257664, 0.868612), (-0.257986, -0.884749, -0.388154), (0.868516, -0.388367, 0.307977)-180.27049, 247.6604, 193.26691
7given(-0.02187, 0.948421, 0.316259), (-0.340106, -0.304526, 0.889715), (0.940133, -0.088103, 0.329223)-214.4675, 3.0912, 161.3127
8given(0.045133, 0.348046, -0.936391), (0.060809, 0.93465, 0.35033), (0.997128, -0.072753, 0.021019)27.6218, -36.9297, 205.16161
9given(0.915429, -0.064308, 0.39731), (-0.394314, 0.054552, 0.917355), (-0.080667, -0.996438, 0.024581)-52.3674, -43.9996, 239.2984
10given(0.439276, 0.233535, -0.867467), (0.897405, -0.158407, 0.411791), (-0.041246, -0.959358, -0.27916)56.4364, 130.9259, 279.21149
11given(-0.828629, 0.438899, -0.347479), (0.443362, 0.13558, -0.886029), (-0.341766, -0.888249, -0.306937)-118.5222, 245.9774, 255.92979
12given(-0.453043, -0.891309, 0.017889), (-0.891283, 0.452416, -0.030558), (0.019144, -0.029788, -0.999373)4.8578, 8.6357, 277.06641
13given(0.044773, 0.068142, 0.99667), (0.353133, 0.932181, -0.079596), (-0.934501, 0.355521, 0.017674)-204.369, 41.0439, 34.3614
14given(0.914526, -0.396763, -0.078872), (-0.061096, 0.057268, -0.996488), (0.399886, 0.916133, 0.028132)49.798, 237.55659, 55.2639
15given(-0.905975, 0.418964, 0.060652), (0.418702, 0.865694, 0.274341), (0.062433, 0.273942, -0.959718)-176.7795, 4.2596, 240.3842
16given(0.376862, 0.85109, 0.365541), (0.850805, -0.474085, 0.22666), (0.366205, 0.225585, -0.902776)-184.7805, 188.65559, 257.47989
17given(0.828946, -0.458803, 0.319919), (-0.458945, -0.884871, -0.079835), (0.319716, -0.080646, -0.944075)-3.0602, 192.83279, 294.3205
18given(0.439432, 0.897294, -0.04199), (0.234448, -0.159691, -0.958923), (-0.867141, 0.411537, -0.280542)-130.41499, 275.6235, 73.0819
19given(0.328411, -0.162074, -0.930526), (-0.160922, -0.980366, 0.113961), (-0.930726, 0.112316, -0.348044)102.228, 196.1227, 111.7777
20given(-0.060876, -0.991977, 0.110795), (-0.041666, 0.11343, 0.992672), (-0.997275, 0.055813, -0.048237)28.6307, -38.611, 73.0336
21given(-0.063078, -0.038307, -0.997273), (-0.991805, 0.113647, 0.058367), (0.111101, 0.992782, -0.045162)72.4048, 28.1483, 38.4935
22given(-0.999624, 0.016645, 0.021771), (0.016871, -0.252259, 0.967513), (0.021596, 0.967517, 0.251883)-132.3634, 9.4648, -5.1163
23given(-0.02199, -0.334163, 0.942259), (0.950178, -0.300104, -0.084254), (0.31093, 0.893461, 0.324114)-156.011, 217.8904, 11.6025

-
要素

#1: タンパク質 ...
M FERRITIN


分子量: 20623.182 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana catesbeiana (カエル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07798
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
21.0 MNa/K tartrate1drop
320 mM1dropMgCl2
40.1 Macetate1drop
51.0 MNa/K tartrate1reservoir
60.5 Mammonium sulfate1reservoir
720 mM1reservoirMgCl2
80.1 Macetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→10 Å / Num. obs: 141403 / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / % possible all: 27
反射
*PLUS
Num. measured all: 249976
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 27 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1RCD

1rcd


解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 --
Rwork0.19 --
obs0.19 141403 70 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32976 0 48 1320 34344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.375
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.444
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.297

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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