[日本語] English
万見
- PDB-1mfi: CRYSTAL STRUCTURE OF MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR COMPL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mfi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR COMPLEXED WITH (E)-2-FLUORO-P-HYDROXYCINNAMATE
要素PROTEIN (MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR)
キーワードVIRAL PROTEIN / CYTOKINE / MACROPHAGE / INFLAMMATORY RESPONSE / TAUTOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / positive regulation of adaptive immune response / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding ...Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / positive regulation of adaptive immune response / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Neutrophil degranulation / cytokine activity / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / myelin sheath / regulation of cell population proliferation / protease binding / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-FLUORO-3-(4-HYDROXYPHENYL)-2E-PROPENEOATE / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Johnson Jr., W.H. / Czerwinski, R.M. / Whitman, C.P. / Hackert, M.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of macrophage migration inhibitory factor complexed with (E)-2-fluoro-p-hydroxycinnamate at 1.8 A resolution: implications for enzymatic catalysis and inhibition.
著者: Taylor, A.B. / Johnson Jr., W.H. / Czerwinski, R.M. / Li, H.S. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
履歴
登録1998年8月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR)
B: PROTEIN (MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR)
C: PROTEIN (MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6926
ポリマ－37,1493
非ポリマー5433
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.530, 99.530, 105.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.37931, 0.2986, 0.87576), (-0.87343, 0.19682, -0.44541), (-0.30537, -0.93386, 0.18614)-12.13242, 19.18984, 24.3611
2given(-0.38447, -0.87668, -0.28917), (0.2845, 0.18548, -0.94056), (0.87821, -0.44388, 0.1781)19.6363, 23.06759, 14.58429

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR) / PHENYLPYRUVATE TAUTOMERASE


分子量: 12383.024 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MIF / プラスミド: PET11B / 遺伝子 (発現宿主): MUMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P34884
#2: 化合物 ChemComp-FHC / 2-FLUORO-3-(4-HYDROXYPHENYL)-2E-PROPENEOATE / (E)-2-FLUORO-P-HYDROXYCINNAMATE


分子量: 181.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6FO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: THE STARTING MODEL WAS SOLVED WITH PDB ENTRY 1MIF
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
116 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.4
320 mM1dropNaCl
430 %PEG80001reservoir
550 mMsodium phosphate1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日 / 詳細: MSC MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 35875 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 207686 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION NATIVE STRUCTURE OF MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR FROM MOUSE

解像度: 1.8→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED, REFMAC USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1792 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 35875 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2607 0 39 93 2739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.913
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.975
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.647
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.969
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 168 4.8 %
Rwork0.336 3349 -
obs--96.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TIP3P.PARAMETERTIP3P.TOPOLOGY
X-RAY DIFFRACTION3FHC.PARFHC.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.96

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る