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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mff | ||||||
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タイトル | MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR Y95F MUTANT | ||||||
要素 | MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR | ||||||
キーワード | CYTOKINE / MACROPHAGE / INFLAMMATORY RESPONSE / TAUTOMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / Cell surface interactions at the vascular wall / phenylpyruvate tautomerase / dopachrome isomerase activity / L-dopachrome isomerase / positive regulation of adaptive immune response / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / Cell surface interactions at the vascular wall / phenylpyruvate tautomerase / dopachrome isomerase activity / L-dopachrome isomerase / positive regulation of adaptive immune response / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonate secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of protein metabolic process / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / Neutrophil degranulation / cytokine activity / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / myelin sheath / regulation of cell population proliferation / protease binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / innate immune response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Taylor, A.B. / Stamps, S.L. / Wang, S.C. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Mechanism of the phenylpyruvate tautomerase activity of macrophage migration inhibitory factor: properties of the P1G, P1A, Y95F, and N97A mutants. 著者: Stamps, S.L. / Taylor, A.B. / Wang, S.C. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mff.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mff.ent.gz | 57.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mff.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mff_validation.pdf.gz | 374.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mff_full_validation.pdf.gz | 377.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mff_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mff_validation.cif.gz | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/1mff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/1mff | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1mfiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12367.024 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MIF / プラスミド: PET11B / 遺伝子 (発現宿主): MUMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P34884 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月1日 / 詳細: MSC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→33 Å / Num. obs: 30194 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 88.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 195439 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1MFI 解像度: 2→33 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED, REFMAC USED PRIOR TO X-PLOR
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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