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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mdg | ||||||||||||||||||
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タイトル | An Alternating Antiparallel Octaplex in an RNA Crystal Structure | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / tetraplex (正六百胞体) / base tetrads / base octads | 機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / リボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | データ登録者 | Pan, B.C. / Xiong, Y. / Shi, K. / Sundaralingam, M. | 引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 | タイトル: An Eight-Stranded Helical Fragment in RNA Crystal Structure: Implications for Tetraplex Interaction 著者: Pan, B.C. / Xiong, Y. / Shi, K. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mdg.cif.gz | 13 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mdg.ent.gz | 8.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mdg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/1mdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/1mdg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The three strands of the tetraplex is generated by the four fold axis |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 1995.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-NCO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: MPD, MgCl2, Cobalt(III)hexammine, ethidine bromide, sodium cacodylate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9195, 0.9192, 0.800 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月31日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 3807 / Num. obs: 3800 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 41.7 % / Rsym value: 0.056 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Num. unique all: 364 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 98.6 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 158438 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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