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- PDB-1mdg: An Alternating Antiparallel Octaplex in an RNA Crystal Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mdg
タイトルAn Alternating Antiparallel Octaplex in an RNA Crystal Structure
要素5'-R(*UP*(BGM)GP*AP*GP*GP*U)-3'
キーワードRNA / tetraplex / base tetrads / base octads
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pan, B.C. / Xiong, Y. / Shi, K. / Sundaralingam, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: An Eight-Stranded Helical Fragment in RNA Crystal Structure: Implications for Tetraplex Interaction
著者: Pan, B.C. / Xiong, Y. / Shi, K. / Sundaralingam, M.
履歴
登録2002年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年9月28日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*(BGM)GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2717
ポリマ－1,9951
非ポリマー2766
水28816
1
A: 5'-R(*UP*(BGM)GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*UP*(BGM)GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*UP*(BGM)GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*UP*(BGM)GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,08528
ポリマ－7,9804
非ポリマー1,10424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.956, 35.956, 38.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

NA

21A-102-

NA

31A-103-

NA

41A-104-

NA

51A-105-

NA

61A-201-

NCO

71A-305-

HOH

81A-315-

HOH

詳細The three strands of the tetraplex is generated by the four fold axis

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*(BGM)GP*AP*GP*GP*U)-3'


分子量: 1995.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: MPD, MgCl2, Cobalt(III)hexammine, ethidine bromide, sodium cacodylate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2MgCl211
3Cobalt(III)hexammine11
4ethidine bromide11
5sodium cacodylate11
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11 mMRNA1drop
240 mMsodium cacodylate1droppH6.6
35 mM1dropMgCl2
41 mMcobalt hexammine chloride1drop
51 mMethidine bromide1drop
62 %(v/v)MPD1drop
715 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9195, 0.9192, 0.800
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91951
20.91921
30.81
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 3807 / Num. obs: 3800 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 41.7 % / Rsym value: 0.056
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Num. unique all: 364 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 158438 / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 381 -random
Rwork0.172 ---
all-3821 --
obs-3763 98.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 128 12 16 156
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg4.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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