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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1md9 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF DhbE IN COMPLEX WITH DHB AND AMP | ||||||
要素 | 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase | ||||||
キーワード | LIGASE / adenylation domain / peptide synthetase / antibiotic biosynthesis / siderophore formation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2,3-dihydroxybenzoate-[aryl-carrier protein] ligase / 2,3-dihydroxybenzoate--[aryl-carrier protein] ligase / siderophore biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | May, J.J. / Kessler, N. / Marahiel, M.A. / Stubbs, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of DhbE, an archetype for aryl acid activating domains of modular nonribosomal peptide synthetases. 著者: May, J.J. / Kessler, N. / Marahiel, M.A. / Stubbs, M.T. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Author states the sequence has recently been deposited at NCBI with the acquisition number ...SEQUENCE Author states the sequence has recently been deposited at NCBI with the acquisition number bankit484943. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1md9.cif.gz | 111.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1md9.ent.gz | 91.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1md9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1md9_validation.pdf.gz | 456.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1md9_full_validation.pdf.gz | 480.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1md9_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1md9_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/1md9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/1md9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60363.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: M15 ATCC 21332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40871, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
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#2: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#3: 化合物 | ChemComp-DBH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 8.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
検出器 | 日付: 2001年3月23日 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 13234 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 14081 / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 38167 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.9 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Mean I/σ(I) obs: 12.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→100 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.232 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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