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- PDB-1mco: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A HUMAN IMMUNOGLOBULIN WITH A HING... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mco
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A HUMAN IMMUNOGLOBULIN WITH A HINGE DELETION
要素
  • IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
  • IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Edmundson, A.B.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional structure of a human immunoglobulin with a hinge deletion.
著者: Guddat, L.W. / Herron, J.N. / Edmundson, A.B.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1983
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Mcg Igg1 Immunoglobulin
著者: Rajan, S.S. / Ely, K.R. / Abola, E.E. / Wood, M.K. / Colman, P.M. / Athay, R.J. / Edmundson, A.B.
#2: ジャーナル: Contemp.Top.Mol.Immunol. / 年: 1978
タイトル: Conformational Flexibility in Immunoglobulins
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Abola, E.E.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1970
タイトル: A Crystallographic Investigation of a Human Igg Immunoglobulin
著者: Edmundson, A.B. / Wood, M.K. / Schiffer, M. / Hardman, K.D. / Ainsworth, C.F. / Ely, K.R.
履歴
登録1993年2月25日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
H: IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6513
ポリマ－69,7342
非ポリマー1,9171
水00
1
L: IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
H: IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

L: IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
H: IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,3016
ポリマ－139,4684
非ポリマー3,8332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area19280 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area64440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.400, 110.000, 186.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: TYR L 144 - PRO L 145 OMEGA ANGLE = 90.421 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: PHE H 150 - PRO H 151 OMEGA ANGLE = 235.747 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: GLN H 152 - PRO H 153 OMEGA ANGLE = 247.018 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: TYR H 358 - PRO H 359 OMEGA ANGLE = 278.722 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: PRO H 380 - PRO H 381 OMEGA ANGLE = 221.018 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: 抗体 IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (LIGHT CHAIN)


分子量: 22835.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: PIR: S14675
#2: 抗体 IGG1 MCG INTACT ANTIBODY (HEAVY CHAIN)


分子量: 46898.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 243866
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-L-gulopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1916.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2LGulpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/7,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1121h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-4-1-5-6-7/a4-b1_a6-j1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1_h3-i2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+?)][]{[(?+2)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
配列の詳細THE FOLLOWING TABLE MAY BE USED TO RELATE THE ENTRIES SEQUENCE NUMBERING TO THE NUMBERING SYSTEM OF ...THE FOLLOWING TABLE MAY BE USED TO RELATE THE ENTRIES SEQUENCE NUMBERING TO THE NUMBERING SYSTEM OF E.KABAT (E.A.KABAT,T.T.WU,M.REID-MILLER,H.M.PERRY,K.S.GOTTESMAN, SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 4TH ED., (1987), NATIONAL INSTITUTE OF HEALTH,BETHESDA,MD.). LIGHT CHAIN HEAVY CHAIN COMPUTER KABAT COMPUTER KABAT FILE NUMBER FILE NUMBER NUMBER NUMBER 1-9 1-9 1-35 1-35 10-26 11-27 36 35A 27 27A 37 35B 28 27B 38-84 36-82 29 27C 85 82A 30-97 28-95 86 82B 110 106A 87 82C 111-172 107-168 88-103 83-98 173-203 170-200 104 100K 204 203-215 105-134 101-130 135-156 133-154 157-158 158-159 159-166 162-169 167-177 171-181 178-191 183-196 192-194 198-200 195-199 202-206 200-216 208-224 217-222 231-237 (EU NUMBERING) 223-428 238-443 (EU NUMBERING)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.18 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: unknown / 詳細: Edmundson, A.B., (1970) J.Biol.Chem., 245, 2763.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris-HCl11
230-60 mg/mlprotein11
3deionized water12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. all: 15365 / Num. obs: 14525 / % possible obs: 94.5 % / Num. measured all: 43520 / Rmerge(I) obs: 0.1479

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.232 / Rfactor obs: 0.232 / 最高解像度: 3.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4911 0 130 0 5041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / Rfactor obs: 0.232 / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 11875
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 0.027

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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