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万見
- PDB-1mcl: PRINCIPLES AND PITFALLS in DESIGNING SITE DIRECTED PEPTIDE LIGANDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mcl
タイトルPRINCIPLES AND PITFALLS in DESIGNING SITE DIRECTED PEPTIDE LIGANDS
要素
  • IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
  • N-ACETYL-D-HIS-L-PRO-OH
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Edmundson, A.B. / Harris, D.L. / Fan, Z.-C. / Guddat, L.W.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Principles and pitfalls in designing site-directed peptide ligands.
著者: Edmundson, A.B. / Harris, D.L. / Fan, Z.C. / Guddat, L.W. / Schley, B.T. / Hanson, B.L. / Tribbick, G. / Geysen, H.M.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1987
タイトル: The Binding of Opioid Peptides to the Mcg Light Chain Dimer: Flexible Keys and Adjustable Locks
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Herron, J.N. / Cheson, B.D.
#2: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1985
タイトル: Binding of N-Formylated Chemotactic Peptides in Crystals of the Mcg Light Chain Dimer: Similarities with Neutrophil Receptors
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R.
#3: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1984
タイトル: A Search for Site-Filling Ligands in the Mcg Bence-Jones Dimer: Crystal Binding Studies of Fluorescent Compounds
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Herron, J.N. / Cheson, B.D.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1974
タイトル: Binding of 2,4-Dinitrophenyl Compounds and Other Small Molecules to a Crystalline Lambdal-Type Bence-Jones Dimer
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Girling, R.L. / Abola, E.E. / Schiffer, M. / Westholm, F.A. / Fausch, M.D. / Deutsch, H.F.
履歴
登録1993年2月25日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
B: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
P: N-ACETYL-D-HIS-L-PRO-OH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9173
ポリマ－45,9173
非ポリマー00
水00
1
A: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
B: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
P: N-ACETYL-D-HIS-L-PRO-OH

A: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
B: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
P: N-ACETYL-D-HIS-L-PRO-OH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8356
ポリマ－91,8356
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_646y+1,x-1,-z+11
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.300, 72.300, 185.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 145 / 2: CIS PROLINE - PRO B 145 / 3: RESIDUE HIS P 1 IS THE D FORM OF THE AMINO ACIDS.
4: PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFOMRATION HIS P 1 - PRO P 2 (218.25)

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)


分子量: 22819.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: PIR: S14675, UniProt: Q6PIK1*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド N-ACETYL-D-HIS-L-PRO-OH


分子量: 279.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
Has protein modificationY
配列の詳細THE LIGHT CHAIN WAS SEQUENCED BY FETT AND DEUTSCH (1974) BIOCHEMISTRY, 13, 4102-4114.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
結晶化詳細: THIS COMPLEX WAS PREPARED BY DIFFUSION OF THE PEPTIDE INTO A CRYSTAL OF THE DIMER
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 Msodium pshosphate11
223 mg/mlprotein11
31.6-1.9 Mammonium sulfate11

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / 波長: 1 Å
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→6 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 1.5 /
Rfactor反射数
obs0.189 6656
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3231 0 0 0 3231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0250.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.025
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1220.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1840.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.260.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2080.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7.87.8
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.724.7
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor34.734.7
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 6656 / σ(F): 1.5 / Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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