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万見
- PDB-1mce: PRINCIPLES AND PITFALLS IN DESIGNING SITE DIRECTED PEPTIDE LIGANDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mce
タイトルPRINCIPLES AND PITFALLS IN DESIGNING SITE DIRECTED PEPTIDE LIGANDS
要素
  • Immunoglobulin lambda-1 light chain
  • PEPTIDE N-ACETYL-L-GLN-D-PHE-L-HIS-D-PRO-B-ALA-OH
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin lambda-1 light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Edmundson, A.B. / Harris, D.L. / Fan, Z.-C. / Guddat, L.W.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Principles and pitfalls in designing site-directed peptide ligands.
著者: Edmundson, A.B. / Harris, D.L. / Fan, Z.C. / Guddat, L.W. / Schley, B.T. / Hanson, B.L. / Tribbick, G. / Geysen, H.M.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1987
タイトル: The Binding of Opioid Peptides to the Mcg Light Chain Dimer: Flexible Keys and Adjustable Locks
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Herron, J.N. / Cheson, B.D.
#2: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1985
タイトル: Binding of N-Formylated Chemotactic Peptides in Crystals of the Mcg Light Chain Dimer: Similarities with Neutrophil Receptors
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R.
#3: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1984
タイトル: A Search for Site-Filling Ligands in the Mcg Bence-Jones Dimer: Crystal Binding Studies of Fluorescent Compounds
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Herron, J.N. / Cheson, B.D.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1974
タイトル: Binding of 2,4-Dinitrophenyl Compounds and Other Small Molecules to a Crystalline Lambdal-Type Bence-Jones Dimer
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Girling, R.L. / Abola, E.E. / Schiffer, M. / Westholm, F.A. / Fausch, M.D. / Deutsch, H.F.
履歴
登録1993年2月25日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02022年4月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine_hist / refine_ls_restr / software / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_order / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _software.classification / _software.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin lambda-1 light chain
B: Immunoglobulin lambda-1 light chain
P: PEPTIDE N-ACETYL-L-GLN-D-PHE-L-HIS-D-PRO-B-ALA-OH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2643
ポリマ－46,2643
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.300, 72.300, 185.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 145 / 2: CIS PROLINE - PRO B 145
3: RESIDUES PHE P 2 AND PRO P 4 ARE D FORMS OF THE AMINO ACIDS PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION PRO P 4 - BAL P 5 235.904 RESIDUE BAL P 5 IS THE BETA FORM OF ALANINE.

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin lambda-1 light chain / Immunoglobulin lambda-1 light chain MCG


分子量: 22819.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX8
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE N-ACETYL-L-GLN-D-PHE-L-HIS-D-PRO-B-ALA-OH


分子量: 625.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY
配列の詳細THE LIGHT CHAIN WAS SEQUENCED BY FETT AND DEUTSCH (1974) BIOCHEMISTRY, 13, 4102-4114.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化詳細: THIS COMPLEX WAS PREPARED BY DIFFUSION OF THE PEPTIDE INTO A CRYSTAL OF THE DIMER.
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 Msodium pshosphate11
223 mg/mlprotein11
31.6-1.9 Mammonium sulfate11

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / 波長: 1 Å
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 1.5 /
Rfactor反射数
obs0.191 7149
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3222 0 34 0 3256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0240.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.025
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1250.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1830.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.260.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1880.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7.97.9
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor26.226.2
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 7149 / σ(F): 1.5 / Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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