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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mck | ||||||
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タイトル | PRINCIPLES AND PITFALLS IN DESIGNING SITE DIRECTED PEPTIDE LIGANDS | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Edmundson, A.B. / Harris, D.L. / Fan, Z.-C. / Guddat, L.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1993 タイトル: Principles and pitfalls in designing site-directed peptide ligands. 著者: Edmundson, A.B. / Harris, D.L. / Fan, Z.C. / Guddat, L.W. / Schley, B.T. / Hanson, B.L. / Tribbick, G. / Geysen, H.M. #1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1987 タイトル: The Binding of Opioid Peptides to the Mcg Light Chain Dimer: Flexible Keys and Adjustable Locks 著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Herron, J.N. / Cheson, B.D. #2: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1985 タイトル: Binding of N-Formylated Chemotactic Peptides in Crystals of the Mcg Light Chain Dimer: Similarities with Neutrophil Receptors 著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. #3: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1984 タイトル: A Search for Site-Filling Ligands in the Mcg Bence-Jones Dimer: Crystal Binding Studies of Fluorescent Compounds 著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Herron, J.N. / Cheson, B.D. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1974 タイトル: Binding of 2,4-Dinitrophenyl Compounds and Other Small Molecules to a Crystalline Lambda-Type Bence-Jones Dimer 著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Girling, R.L. / Abola, E.E. / Schiffer, M. / Westholm, F.A. / Fausch, M.D. / Deutsch, H.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mck.cif.gz | 79.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mck.ent.gz | 63.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mck_validation.pdf.gz | 385.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mck_full_validation.pdf.gz | 408.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mck_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mck_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/1mck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/1mck | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 145 2: PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION LYS A 167 - PRO A 168 (223.89) 3: CIS PROLINE - PRO B 145 4: PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION HIS P 2 - PRO P 3 (227.24) RESIDUES GLU P 1 AND PRO P 3 ARE D ENANTIOMERS OF THE AMINO ACIDS. |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22819.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: PIR: S14675 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 406.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE LIGHT CHAIN WAS SEQUENCED BY FETT AND DEUTSCH (1974) BIOCHEMIST | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: THIS COMPLEX WAS PREPARED BY DIFFUSION OF THE PEPTIDE INTO A CRYSTAL OF THE DIMER. | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / 波長: 1 Å |
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放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 1.5 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 7680 / σ(F): 1.5 / Rfactor obs: 0.189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |