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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mc3 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RFFH | ||||||
![]() | GLUCOSE-1-PHOSPHATE THYMIDYLYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glucose-1-phosphate thymidylytransferase / rffH / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() enterobacterial common antigen biosynthetic process / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / extracellular polysaccharide biosynthetic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sivaraman, J. / Sauve, V. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli Glucose-1-Phosphate Thymidylyltransferase (RffH) Complexed with dTTP and Mg2+ 著者: Sivaraman, J. / Sauve, V. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33285.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P61887, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG8K 16%, 0.1M MES, 0.4M MGCL2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月23日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 17698 / Num. obs: 16531 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rsym value: 0.382 / % possible all: 46.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 47293 / Rmerge(I) obs: 0.088 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.223 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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