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- PDB-1mbd: X-ray structure of sperm whale deoxymoglobin refined at 1.4A reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mbd
タイトルX-ray structure of sperm whale deoxymoglobin refined at 1.4A resolution
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Phillips, S.E.V.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray structure of sperm whale deoxymoglobin refined at 1.4A resolution
著者: Phillips, S.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Structure and Refinement of Oxymyoglobin at 1.6 Angstroms Resolution
著者: Phillips, S.E.V.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1978
タイトル: Structure of Oxymyoglobin
著者: Phillips, S.E.V.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A (Supplement) / 年: 1978
タイトル: The Structure of Oxy-Myoglobin
著者: Phillips, S.E.V.
履歴
登録1981年8月27日処理サイト: BNL
改定 1.01982年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月8日Group: Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_status / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_database_status.process_site / _struct.title
改定 2.02023年2月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_planes.rmsd / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9483
ポリマ－17,2351
非ポリマー7132
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.660, 31.120, 35.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: INSPECTION OF MAPS AT VARIOUS STAGES OF REFINEMENT INDICATED THAT SEVERAL SIDE-CHAINS AND THE C- AND N-TERMINAL RESIDUES WERE DISORDERED TO SOME DEGREE. IN MOST CASES, ONE CONFORMATION WAS VERY ...1: INSPECTION OF MAPS AT VARIOUS STAGES OF REFINEMENT INDICATED THAT SEVERAL SIDE-CHAINS AND THE C- AND N-TERMINAL RESIDUES WERE DISORDERED TO SOME DEGREE. IN MOST CASES, ONE CONFORMATION WAS VERY MUCH STRONGER THAN THE OTHER, BUT THREE SIDE-CHAINS WERE INCLUDED IN THE MODEL WITH TWO ALTERNATE CONFORMATIONS (VAL 13, LEU 86, LEU 89).
2: HOH 305 IS A FULLY OCCUPIED WATER MOLECULE IN THE HEME POCKET. IN OXYMYOGLOBIN IT IS PRESENT IN LOW OCCUPANCY CLOSE TO ATOM O1 OF THE HEME. SEE PAPER CITED AS REFERENCE 1 ABOVE.

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細HOH 305 IS A FULLY OCCUPIED WATER MOLECULE IN THE HEME POCKET. IN OXYMYOGLOBIN IT IS PRESENT IN LOW ...HOH 305 IS A FULLY OCCUPIED WATER MOLECULE IN THE HEME POCKET. IN OXYMYOGLOBIN IT IS PRESENT IN LOW OCCUPANCY CLOSE TO ATOM O1 OF THE HEME. SEE PAPER CITED AS REFERENCE 1 ABOVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.53 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 2 Å / Num. obs: 14411 / Rmerge(I) obs: 0.141

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解析

ソフトウェア名称: CONSTRAINED / バージョン: RECIPROCAL-SPACE LEAST-SQUARES / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 0 48 388 1666
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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