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- PDB-1ma8: A-DNA decamer GCGTA(UMS)ACGC with incorporated 2'-methylseleno-uridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ma8
タイトルA-DNA decamer GCGTA(UMS)ACGC with incorporated 2'-methylseleno-uridine
要素5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*UMSP*AP*CP*GP*C)-3'
キーワードDNA / 2'-methylseleno-uridine
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Teplova, M. / Wilds, C.J. / Wawrzak, Z. / Tereshko, V. / Du, Q. / Carrasco, N. / Huang, Z. / Egli, M.
引用ジャーナル: BIOCHIMIE / 年: 2002
タイトル: Covalent incorporation of selenium into oligonucleotides for X-ray crystal structure determination via MAD: proof of principle
著者: Teplova, M. / Wilds, C.J. / Wawrzak, Z. / Tereshko, V. / Du, Q. / Carrasco, N. / Huang, Z. / Egli, M.
履歴
登録2002年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*UMSP*AP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*UMSP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2482
ポリマ－6,2482
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.555, 43.967, 45.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*UMSP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 3123.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: U-Se-modified DNA duplex
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, spermine tetrahydrochloride, potassium chloride, sodium chloride, sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2spermine tetrahydrochloride11
3KCl11
4NaCl11
5sodium cacodylate11
6MPD12
7NaCl12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12 mMDNA solution1drop
240 mMsodium cacodylate1droppH7.0
312 mM1dropNaCl
480 mM1dropKCl
512 mMspermine tetrahydrochloride1drop
610 %(v/v)1drop
735 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 23332 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.049
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / Rsym value: 0.263 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.263

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→10 Å / σ(I): 4
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.173 1048 random
Rwork0.149 --
obs-21189 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 628 0 141 769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 23279 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.154
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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