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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m9y | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,G89A Complex. | ||||||
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![]() | Isomerase/Viral protein / CAPSID / HIV-1 / CYCLOPHILIN A / ROTAMASE / Isomerase-Viral protein COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / protein peptidyl-prolyl isomerization / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / negative regulation of protein phosphorylation / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / viral release from host cell / Calcineurin activates NFAT / activation of protein kinase B activity / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / neutrophil chemotaxis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / peptidylprolyl isomerase / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / platelet activation / platelet aggregation / neuron differentiation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / integrin binding / unfolded protein binding / positive regulation of protein phosphorylation / Platelet degranulation / protein folding / viral nucleocapsid / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / host cell cytoplasm / positive regulation of MAPK cascade / viral translational frameshifting / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Howard, B.R. / Vajdos, F.F. / Li, S. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of cyclophilin A 著者: Howard, B.R. / Vajdos, F.F. / Li, S. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ...BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). Complex A consists of chains B and C; Complex B consists of chains A and D; Complex A' consists of chains F and G; Complex B' consists of chains E and H. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE According to the authors, this apparent conflict is due to the use of HIV-1 strain NL4-3 ...SEQUENCE According to the authors, this apparent conflict is due to the use of HIV-1 strain NL4-3 which has a histidine at residue 120. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 213.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 486.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 513.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 86.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18036.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16151.530 Da / 分子数: 4 / Fragment: N-terminal domain / Mutation: H87A,G89A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月8日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(311) bent monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 86252 / Num. obs: 84527 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.05 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.95 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4202 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 96 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 173271 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1AK4 解像度: 1.9→19.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.808 / SU ML: 0.113 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.376 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.169 / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.162 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.93 Å |