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- PDB-1m9h: Corynebacterium 2,5-DKGR A and Phe 22 replaced with Tyr (F22Y), L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m9h
タイトルCorynebacterium 2,5-DKGR A and Phe 22 replaced with Tyr (F22Y), Lys 232 replaced with Gly (K232G), Arg 238 replaced with His (R238H)and Ala 272 replaced with Gly (A272G)in presence of NADH cofactor
要素2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-didehydrogluconate reductase (2-dehydro-L-gulonate-forming) / L-ascorbic acid biosynthetic process / : / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 5C1 / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sanli, G. / Blaber, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Structural alteration of cofactor specificity in Corynebacterium 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase
著者: Sanli, G. / Banta, S. / Anderson, S. / Blaber, M.
履歴
登録2002年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8223
ポリマ－30,0621
非ポリマー7592
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A
ヘテロ分子

A: 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6446
ポリマ－60,1252
非ポリマー1,5194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4360 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.950, 55.240, 51.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A / 2 / 5-DKG reductase A / 2 / 5-DKGR A / 25DKGR-A / AKR5C


分子量: 30062.465 Da / 分子数: 1 / 変異: F22Y, K232G, R238H, A272G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア)
プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06632, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: lithium sulfate monohydrate, hepes-sodium, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1droppH7.5
31.5 Mlithium sulfate1reservoir
40.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21031
1,21
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
回転陽極RIGAKU RUH2R21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE2002年4月4日Osmic Blue confocal mirrors
MARRESEARCH2CCD2002年4月11日Osmic Blue confocal mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1osmic mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2osmic mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 20178 / Num. obs: 17803 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 83.3
反射
*PLUS
最低解像度: 27 Å / Num. obs: 18364 / % possible obs: 92.9 % / Num. measured all: 242073
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT精密化
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A80

1a80


解像度: 2→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: TRONRUD
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.261 561 Random
Rwork0.213 --
all0.214 20178 -
obs0.214 17803 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2106 0 49 146 2301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d14.9
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.52 46
Rwork0.31 -
obs-1102
精密化
*PLUS
最低解像度: 27 Å / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg14.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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