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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m9f | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,A88M Complex. | ||||||
要素 |
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キーワード | Isomerase/Viral protein / CAPSID / HIV-1 / CYCLOPHILIN A / ISOMERASE / ROTAMASE / Isomerase-Viral protein COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / positive regulation of viral genome replication / Binding and entry of HIV virion / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / viral nucleocapsid / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / host cell cytoplasm / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / virion membrane / structural molecule activity / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Howard, B.R. / Vajdos, F.F. / Li, S. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of cyclophilin A 著者: Howard, B.R. / Vajdos, F.F. / Li, S. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). Complex "A" consists of chains B and C; Complex "B" consists of chains A and D. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE According to the authors, this apparent conflict is due to the use of HIV-1 strain NL4-3 ...SEQUENCE According to the authors, this apparent conflict is due to the use of HIV-1 strain NL4-3 which has a histidine at residue 120. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m9f.cif.gz | 138.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m9f.ent.gz | 109.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m9f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m9f_validation.pdf.gz | 446.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1m9f_full_validation.pdf.gz | 459.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1m9f_validation.xml.gz | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m9f_validation.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/1m9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/1m9f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18036.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase #2: タンパク質 | 分子量: 16197.622 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal domain / Mutation: H87A,A88M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 遺伝子: CA / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72497 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月22日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→20 Å / Num. all: 58422 / Num. obs: 56085 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.78 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 15.9 / Num. unique all: 4548 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 93 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 135448 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 1AK4 解像度: 1.73→19.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.984 / SU ML: 1.13 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.478 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→19.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.73 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.172 / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.73 Å / 最低解像度: 1.78 Å |