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万見
- PDB-1m8v: Structure of Pyrococcus abyssii Sm Protein in Complex with a Urid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m8v
タイトルStructure of Pyrococcus abyssii Sm Protein in Complex with a Uridine Heptamer
要素
  • 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
  • PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Protein-RNA complex / Sm protein / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Sm-like protein family complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. ...snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / RNA / Putative snRNP Sm-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Thore, S. / Mayer, C. / Sauter, C. / Weeks, S. / Suck, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Pyrococcus abyssii Sm core and its Complex with RNA: Common Features of RNA-binding in Archaea and Eukarya
著者: Thore, S. / Mayer, C. / Sauter, C. / Weeks, S. / Suck, D.
履歴
登録2002年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年10月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / ndb_struct_na_base_pair / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
P: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
Q: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
R: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
S: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
T: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
U: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
A: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
B: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
C: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
D: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
E: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
F: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
G: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
H: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
I: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
J: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
K: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
L: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
M: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
N: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,32742
ポリマ－135,50821
非ポリマー4,81921
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.000, 68.000, 84.800
Angle α, β, γ (deg.)105.00, 108.80, 100.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖
5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量: 2098.203 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN / Sm protein PA-Sm1


分子量: 8630.029 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / Organelle (発現宿主): PLASMID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9V0Y8
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 1000, Imidazole pH8.0, Calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4.0K
溶液の組成名称: PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 40961 / Num. obs: 37089 / % possible obs: 90.5 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 29.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1H64

1h64


解像度: 2.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1862 4.5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all-40961 --
obs-37042 90.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.93 Å2-6.55 Å2-8.6 Å2
2--0.49 Å2-8.58 Å2
3----8.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7915 827 301 205 9248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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