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万見
- PDB-1m8u: Crystal Structure of Bovine gamma-E at 1.65 Ang Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m8u
タイトルCrystal Structure of Bovine gamma-E at 1.65 Ang Resolution
要素gamma-E
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / gamma-crystallin / gamma-E
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin F
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Mayer, C. / Agueznay, N. / Skouri-Panet, F. / Prat, K. / Putilina, T. / Biarrotte-Sorin, S. / Tardieu, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Bovine gamma-E
著者: Mayer, C. / Agueznay, N. / Skouri-Panet, F. / Prat, K. / Putilina, T. / Biarrotte-Sorin, S. / Tardieu, A.
履歴
登録2002年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gamma-E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0621
ポリマ－21,0621
非ポリマー00
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.800, 36.710, 46.250
Angle α, β, γ (deg.)100.06, 106.92, 105.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 gamma-E


分子量: 21062.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: extracted from calf eye lens / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23005
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 3000, sodium acetate, pH 4.5, microbatch, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月13日
放射モノクロメーター: mirror + double crystal + mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→28 Å / Num. obs: 20771 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1518 / Rsym value: 0.104 / % possible all: 79.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A5D

1a5d


解像度: 1.65→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 932 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-19708 91 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.423 Å20.281 Å2-0.5 Å2
2--0.591 Å2-0.292 Å2
3----1.014 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1487 0 0 315 1802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7642.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 89 5 %
Rwork0.223 1496 -
obs--0.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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