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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m8p | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of P. chrysogenum ATP Sulfurylase in the T-state | ||||||
![]() | sulfate adenylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Rossmann fold / phosphosulfate binding / T-state | ||||||
機能・相同性 | ![]() sulfur amino acid metabolic process / sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | MacRae, I.J. / Segel, I.H. / Fisher, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Allosteric Inhibition via R-State Destabilization in ATP Sulfurylase from Penicillium chrysogenum 著者: MacRae, I.J. / Segel, I.H. / Fisher, A.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AUTHORS state THAT Gly 369 is not an insertion into their sequence and that the original ...SEQUENCE AUTHORS state THAT Gly 369 is not an insertion into their sequence and that the original published sequence was missing this residue. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 351.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 285.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64062.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, magnesium chloride, tris(hydroxymethyl)aminomethane, 3'-phosphoadenosine-5'-phosphosulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 77547 / Num. obs: 77547 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 8436 / % possible all: 98.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 391636 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 8436 / Num. measured obs: 26754 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1I2D 解像度: 2.6→29.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 186973.94 / Data cutoff high rms absF: 3186973.94 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.5433 Å2 / ksol: 0.318152 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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