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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m8n | ||||||
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タイトル | Choristoneura Fumiferana (Spruce Budworm) Antifreeze Protein Isoform 501 | ||||||
![]() | Antifreeze protein isoform 501 | ||||||
![]() | ANTIFREEZE PROTEIN / LEFT-HANDED BETA-HELIX | ||||||
機能・相同性 | Choristoneura fumiferana antifreeze / Insect antifreeze protein superfamily / Choristoneura fumiferana antifreeze protein (CfAFP) / Insect antifreeze protein / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Mainly Beta / Antifreeze protein isoform 501![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leinala, E.K. / Davies, P.L. / Jia, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A beta-helical antifreeze protein isoform with increased activity: structural and functional insights 著者: Leinala, E.K. / Davies, P.L. / Doucet, D. / Tyshenko, M.G. / Walker, V.K. / Jia, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1l0sS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12546.899 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PEG-4000, iso-propanol, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS PH range low: 5.6 / PH range high: 4.8 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月15日 |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 12991 / Num. obs: 11129 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.6 Å / % possible all: 69.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 12991 / % possible obs: 85.7 % / Num. measured all: 567512 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.3 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Theoretical model based on pdb 1L0S 解像度: 2.45→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.4 Å2 | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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