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- PDB-1m7y: Crystal structure of apple ACC synthase in complex with L-aminoet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m7y
タイトルCrystal structure of apple ACC synthase in complex with L-aminoethoxyvinylglycine
要素1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
キーワードLYASE / Fruit ripening / Ethylene biosynthesis / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase / fruit ripening / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase activity / ethylene biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PPG / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Malus x domestica (リンゴ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Capitani, G. / McCarthy, D. / Gut, H. / Gruetter, M.G. / Kirsch, J.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Apple 1-Aminocyclopropane-1-carboxylate Synthase in Complex with the Inhibitor L-Aminoethoxyvinylglycine
著者: Capitani, G. / McCarthy, D.L. / Gut, H. / Gruetter, M.G. / Kirsch, J.F.
履歴
登録2002年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5993
ポリマ－49,0921
非ポリマー5072
水5,981332
1
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子

A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1996
ポリマ－98,1842
非ポリマー1,0154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8130 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area31150 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.31, 61.14, 77.14
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-841-

HOH

21A-842-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase / ACC synthase


分子量: 49091.797 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-435 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Malus x domestica (リンゴ) / 組織: FRUIT CORTICAL / プラスミド: pET19bV435stopACS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)pLysS
参照: UniProt: P37821, 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PPG / (2E,3E)-4-(2-aminoethoxy)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]but-3-enoic acid


分子量: 389.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N3O8P
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1droppH7.9
310000 mMPLP1drop
41 mMdithiothreitol1drop
54 mMAVG1drop
630 %(v/v)MPD1reservoir
750 mMMES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.79955 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月18日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.79955 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→15 Å / Num. obs: 50871 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2684 / % possible all: 76
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 50540
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B8G

1b8g


解像度: 1.6→14.924 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used bulk solvent correction (CNS 1.0)
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.219 1190 RANDOM
Rwork0.205 --
all-50871 -
obs-50540 -
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.284 Å20 Å23.714 Å2
2---2.589 Å20 Å2
3---2.305 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→14.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3358 0 34 332 3724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 91 -
Rwork0.277 --
obs-4102 79.4 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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