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万見
- PDB-1m77: Near Atomic Resolution Crystal Structure of an A-DNA Decamer d(CC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m77
タイトルNear Atomic Resolution Crystal Structure of an A-DNA Decamer d(CCCGATCGGG): Cobalt Hexammine Interactions with A-DNA
要素5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*G)-3'
キーワードDNA / A-DNA / Cobalt hexammine
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Ramakrishnan, B. / Sekharudu, C. / Pan, B.C. / Sundaralingam, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Near-atomic resolution crystal structure of an A-DNA decamer d(CCCGATCGGG): cobalt hexammine interaction with A-DNA.
著者: Ramakrishnan, B. / Sekharudu, C. / Pan, B. / Sundaralingam, M.
履歴
登録2002年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2072
ポリマ－3,0461
非ポリマー1611
水61334
1
A: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4144
ポリマ－6,0922
非ポリマー3222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.3, 44.3, 24.8
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: cobalt hexammine, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cobalt hexammine11
2cacodylate11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11 mMDNA single strand1drop
240 mMsodium cacodylate1droppH6.0
30.5 mMcobalt hexammine chloride1drop
450 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年9月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→28 Å / Num. all: 7785 / Num. obs: 6929 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.055
反射 シェル解像度: 1.25→1.31 Å / Num. unique all: 433
反射
*PLUS
% possible obs: 90 % / Num. measured all: 51067 / Rmerge(I) obs: 0.055

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GEN2データスケーリング
X-GEN2データ削減
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: fiber A-DNA

解像度: 1.25→8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 2
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.185 653 random
Rwork0.163 --
all-5969 -
obs-5316 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 7 34 243
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.31 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.224 52
Rwork0.197 -
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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