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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m6r | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of rGd(CGCGCG) forming hexamer Z-DNA duplex with 5'-(rG) overhang | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() DNA / Z-DNA / overhang | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Pan, B. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of rGd(CGCGCG): a Z-DNA hexamer duplex with a 5'-(rG) overhang. 著者: Pan, B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 14.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 366.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2139.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2-propanol (at reservoir), Spermine tetrachloride, magnesium chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→29 Å / Num. obs: 3576 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.195 / % possible all: 79.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 12118 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.9 % |
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解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 3536 / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.191 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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