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万見
- PDB-1m6d: Crystal structure of human cathepsin F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m6d
タイトルCrystal structure of human cathepsin F
要素Cathepsin F
キーワードHYDROLASE / papain family cysteine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin F / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / extracellular vesicle / collagen-containing extracellular matrix / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis ...cathepsin F / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / extracellular vesicle / collagen-containing extracellular matrix / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MYP / Cathepsin F
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Somoza, J.R. / Palmer, J.T. / Ho, J.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of human cathepsin F and its implications for the development of novel immunomodulators
著者: Somoza, J.R. / Palmer, J.T. / Ho, J.D.
履歴
登録2002年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年7月17日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin F
B: Cathepsin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4814
ポリマ－47,3152
非ポリマー1,1662
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.250, 103.260, 58.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin F / CATSF


分子量: 23657.650 Da / 分子数: 2 / 変異: N97Q, N108Q, N170Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CATF / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q9UBX1, cathepsin F
#2: 化合物 ChemComp-MYP / 4-MORPHOLIN-4-YL-PIPERIDINE-1-CARBOXYLIC ACID [1-(3-BENZENESULFONYL-1-PROPYL-ALLYLCARBAMOYL)-2-PHENYLETHYL]-AMIDE


分子量: 582.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H42N4O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: magnesium acetate, sodium cacodylate, pEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.2 Mmagnesium acetate1reservoir
20.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.
325 %(w/v)PEG80001reservoir
43 mg/mlcathepsin1drop
550 mMsodium acetate1droppH4.0
61 mMEDTA1drop
7150 mM1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 43466 / Num. obs: 43466 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 64.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. measured all: 591413 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 64.5 % / Rmerge(I) obs: 0.431

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1F2A

1f2a


解像度: 1.7→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 4088 9.9 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.198 ---
obs0.198 41277 93.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.72 Å20 Å20 Å2
2---2.98 Å20 Å2
3---10.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 82 280 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 498 9.8 %
Rwork0.272 4565 -
obs-5063 66.6 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Rfactor Rfree: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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