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- PDB-1m5w: 1.96 A Crystal Structure of Pyridoxine 5'-Phosphate Synthase in C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m5w
タイトル1.96 A Crystal Structure of Pyridoxine 5'-Phosphate Synthase in Complex with 1-deoxy-D-xylulose phosphate
要素Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TIM barrel / protein-substrate complex / multi-binding states
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal phosphate (active vitamin B6) biosynthesis PdxJ / Pyridoxine 5'-phosphate synthase / Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Pyridoxine 5'-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Yeh, J.I. / Du, S. / Pohl, E. / Cane, D.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Multistate Binding in Pyridoxine 5'-Phosphate Synthase: 1.96 A Crystal Structure in Complex with 1-deoxy-D-xylulose phosphate
著者: Yeh, J.I. / Du, S. / Pohl, E. / Cane, D.E.
履歴
登録2002年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
B: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
C: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
D: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
E: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
F: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
G: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
H: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,84516
ポリマ－211,3718
非ポリマー1,4758
水16,988943
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
F: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3665
ポリマ－52,8432
非ポリマー5233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
3
A: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
E: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3665
ポリマ－52,8432
非ポリマー5233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
4
B: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
G: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2714
ポリマ－52,8432
非ポリマー4282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
5
D: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ
H: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8432
ポリマ－52,8432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.007, 129.404, 176.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ / PNP synthase / pyridoxine 5'-phosphate


分子量: 26421.340 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PDXJ / プラスミド: pLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A794
#2: 化合物
ChemComp-DXP / 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE / 1-デオキシ-D-キシルロ-ス5-りん酸


分子量: 214.110 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O7P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 943 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, PEG 1000, glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %PEG80001reservoir
210 %PEG10001reservoir
312 mg/mlprotein1drop
44 mMdXP1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月21日
放射モノクロメーター: wiggler / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 163858 / Num. obs: 157249 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 13719 / Rsym value: 0.304 / % possible all: 84.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 494561
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HO4

1ho4


解像度: 1.96→6 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 15691 -random
Rwork0.195 ---
obs0.236 135847 96 %-
all-163858 --
原子変位パラメータBiso mean: 20.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14696 0 88 943 15727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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