+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m5u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE RESPONSE REGULATOR DIVK. STRUCTURE AT PH 8.0 IN THE APO-FORM | ||||||
![]() | cell division response regulator DivK | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / CELL CYCLE / RESPONSE REGULATOR / SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein histidine kinase activity / cellular hyperosmotic response / phosphorelay signal transduction system / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guillet, V. / Ohta, N. / Cabantous, S. / Newton, A. / Samama, J.-P. / Structural Proteomics in Europe (SPINE) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic and biochemical studies of DivK reveal novel features of an essential response regulator in Caulobacter crescentus 著者: Guillet, V. / Ohta, N. / Cabantous, S. / Newton, A. / Samama, J.-P. #1: ![]() タイトル: Characterization and Crystallization of Divk, an Essential Response Regulator for Cell Division and Differentiation in Caulobacter Crescentus 著者: Cabantous, S. / Guillet, V. / Ohta, N. / Newton, A. / Samama, J.-P. #2: ![]() タイトル: An Essential Single Domain Response Regulator Required for Normal Cell Division and Differentiation in Caulobacter Crescentus 著者: Hecht, G.B. / Lane, T. / Ohta, N. / Sommer, J.M. / Newton, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 24.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 424.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14059.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STRUCTURE AT PH 8.0 IN THE APO-FORM 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: divk / プラスミド: PT7-7 PZHF55 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, hanging or sitting-drop / pH: 8 詳細: MES 50mM PH6.0,PEG MME 550 32% At 285K. The Protein was Concentrated At 2 MG/ML In MES-NAOH PH 6.00 (20 mM), DTT (5 mM) And Mixed With An Equal Volume Of The Reservoir Solution Containing PEG ...詳細: MES 50mM PH6.0,PEG MME 550 32% At 285K. The Protein was Concentrated At 2 MG/ML In MES-NAOH PH 6.00 (20 mM), DTT (5 mM) And Mixed With An Equal Volume Of The Reservoir Solution Containing PEG MME 550 (32%), MES PH 6.00 (40 mM), DTT (5mM). Crystal Size (300X40X40 microM3) In 20microL Sitting Drops. VAPOR DIFFUSION, HANGING OR SITTING-DROP at 285K. Crystals Were Transferred In Reservoir Solutions Whose Ph Was Increased From 6.0 To 8.0 By Steps Of 0.5 Ph Units (The Soaking Time In Each Solution Was 12 Hours). Crystals Were Frozen In Liquid Propane After Soaking For A Few Seconds In Peg Mme 550 (50%), Tris Ph 8.0 (40 Mm)., pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Cabantous, S., (2002) Acta Crystallogr., Sect.D, 58, 1249. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 or Si311 crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→35 Å / Num. all: 8414 / Num. obs: 8414 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.97 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 5050 / % possible all: 94.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / Num. measured all: 42648 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.1 % / Rmerge(I) obs: 0.097 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: APO-DIVK SOLVED AT PH6 解像度: 1.87→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 111.642 Å2 / ksol: 0.524279 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.7 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.22 Å / Luzzati sigma a free: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.87→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.1901 / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor Rwork: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.184 |