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- PDB-1m5q: Crystal structure of a novel Sm-like archaeal protein from Pyroba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m5q
タイトルCrystal structure of a novel Sm-like archaeal protein from Pyrobaculum aerophilum
要素small nuclear ribonucleoprotein homolog
キーワードTRANSLATION / OB-like fold / b-sheet toroid / 14-mer / cadmium-binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Like-Sm ribonucleoprotein, C-terminal domain / Lsm, C-terminal / Like-Sm ribonucleoprotein, C-terminal domain superfamily / Lsm C-terminal / Ataxin 2, SM domain / Ataxin 2 SM domain / SH3 type barrels. - #100 / TATA-Binding Protein / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins ...Like-Sm ribonucleoprotein, C-terminal domain / Lsm, C-terminal / Like-Sm ribonucleoprotein, C-terminal domain superfamily / Lsm C-terminal / Ataxin 2, SM domain / Ataxin 2 SM domain / SH3 type barrels. - #100 / TATA-Binding Protein / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / Small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mura, C. / Phillips, M. / Kozhukhovsky, A. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Structure and assembly of an augmented Sm-like archaeal protein 14-mer
著者: Mura, C. / Phillips, M. / Kozhukhovsky, A. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of a heptameric archaeal Sm protein: Implications for the eukaryotic snRNP core
著者: Mura, C. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
履歴
登録2002年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年5月17日Group: Structure summary
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: small nuclear ribonucleoprotein homolog
B: small nuclear ribonucleoprotein homolog
C: small nuclear ribonucleoprotein homolog
D: small nuclear ribonucleoprotein homolog
E: small nuclear ribonucleoprotein homolog
F: small nuclear ribonucleoprotein homolog
G: small nuclear ribonucleoprotein homolog
H: small nuclear ribonucleoprotein homolog
I: small nuclear ribonucleoprotein homolog
J: small nuclear ribonucleoprotein homolog
K: small nuclear ribonucleoprotein homolog
L: small nuclear ribonucleoprotein homolog
M: small nuclear ribonucleoprotein homolog
N: small nuclear ribonucleoprotein homolog
O: small nuclear ribonucleoprotein homolog
P: small nuclear ribonucleoprotein homolog
Q: small nuclear ribonucleoprotein homolog
R: small nuclear ribonucleoprotein homolog
S: small nuclear ribonucleoprotein homolog
T: small nuclear ribonucleoprotein homolog
U: small nuclear ribonucleoprotein homolog
V: small nuclear ribonucleoprotein homolog
W: small nuclear ribonucleoprotein homolog
X: small nuclear ribonucleoprotein homolog
Y: small nuclear ribonucleoprotein homolog
Z: small nuclear ribonucleoprotein homolog
1: small nuclear ribonucleoprotein homolog
2: small nuclear ribonucleoprotein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,48888
ポリマ－420,21928
非ポリマー5,26860
水34,0121888
1
A: small nuclear ribonucleoprotein homolog
B: small nuclear ribonucleoprotein homolog
C: small nuclear ribonucleoprotein homolog
D: small nuclear ribonucleoprotein homolog
E: small nuclear ribonucleoprotein homolog
F: small nuclear ribonucleoprotein homolog
G: small nuclear ribonucleoprotein homolog
H: small nuclear ribonucleoprotein homolog
I: small nuclear ribonucleoprotein homolog
J: small nuclear ribonucleoprotein homolog
K: small nuclear ribonucleoprotein homolog
L: small nuclear ribonucleoprotein homolog
M: small nuclear ribonucleoprotein homolog
N: small nuclear ribonucleoprotein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,70243
ポリマ－210,11014
非ポリマー2,59329
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area51460 Å2
ΔGint-311 kcal/mol
Surface area69680 Å2
手法PISA
2
O: small nuclear ribonucleoprotein homolog
P: small nuclear ribonucleoprotein homolog
Q: small nuclear ribonucleoprotein homolog
R: small nuclear ribonucleoprotein homolog
S: small nuclear ribonucleoprotein homolog
T: small nuclear ribonucleoprotein homolog
U: small nuclear ribonucleoprotein homolog
V: small nuclear ribonucleoprotein homolog
W: small nuclear ribonucleoprotein homolog
X: small nuclear ribonucleoprotein homolog
Y: small nuclear ribonucleoprotein homolog
Z: small nuclear ribonucleoprotein homolog
1: small nuclear ribonucleoprotein homolog
2: small nuclear ribonucleoprotein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,78545
ポリマ－210,11014
非ポリマー2,67631
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area51770 Å2
ΔGint-325 kcal/mol
Surface area69010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.322, 172.427, 148.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is most likely a 14-mer (out of 28 chains in the asymmetric unit), formed by chains A-->N and by chains O-->2.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ12

#1: タンパク質 ...
small nuclear ribonucleoprotein homolog / SmAP3 / Sm-like archaeal protein (SmAP3) / Sm-like protein


分子量: 15007.830 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: SmAP3 gene (Pae2122) / プラスミド: pET-22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZVU2

-
非ポリマー , 5種, 1948分子

#2: 化合物...
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, glycerol, ammonium acetate, sodium acetate, cadmium chloride, sodium chloride, pH 8.0 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
結晶
*PLUS
マシュー密度: 2.6 Å3/Da
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
185 mg/mlprotein1drop
220 mMUMP1reservoir
310 mM1reservoirCdCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.97954, 0.97933, 0.97186
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979541
20.979331
30.971861
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 270937 / Num. obs: 270937 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): -1.73 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 21420 / % possible all: 76.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 1693038 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 13049 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.191 262801 --
obs0.191 262801 93.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.434 Å2 / ksol: 0.377863 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.75 Å20 Å20 Å2
2---4.55 Å20 Å2
3----8.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28588 0 165 1888 30641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.482.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 1711 4.9 %
Rwork0.283 32917 -
obs--74.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PARAMGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ACY.PARAMACY.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 4.6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.74
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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