[日本語] English
万見
- PDB-1m5o: Transition State Stabilization by a Catalytic RNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m5o
タイトルTransition State Stabilization by a Catalytic RNA
要素
  • RNA HAIRPIN RIBOZYME
  • RNA SUBSTRATE
  • U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
キーワードTRANSLATION/RNA / HAIRPIN RIBOZYME / CATALYTIC RNA / U1A RNA BINDING PROTEIN / Vandate / transition state mimic / TRANSLATION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rupert, P.B. / Massey, A.P. / Sigurdsson, S.T. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Transition state stabilization by a catalytic RNA
著者: Rupert, P.B. / Massey, A.P. / Sigurdsson, S.T. / Ferre-D'Amare, A.R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a hairpin ribozyme-inhibitor complex with implications for catalysis
著者: Rupert, P.B. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2002年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA SUBSTRATE
B: RNA HAIRPIN RIBOZYME
D: RNA SUBSTRATE
E: RNA HAIRPIN RIBOZYME
C: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
F: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,46343
ポリマ－95,9806
非ポリマー1,48337
水3,567198
1
A: RNA SUBSTRATE
B: RNA HAIRPIN RIBOZYME
C: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,79223
ポリマ－47,9903
非ポリマー80220
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: RNA SUBSTRATE
E: RNA HAIRPIN RIBOZYME
F: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,67120
ポリマ－47,9903
非ポリマー68117
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)259.380, 44.220, 102.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.30, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

-
要素

#1: RNA鎖 RNA SUBSTRATE


分子量: 6681.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS
#2: RNA鎖 RNA HAIRPIN RIBOZYME


分子量: 29809.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS
#3: タンパク質 U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A / U1 snRNP A protein / U1 snRNP-specific protein A


分子量: 11498.472 Da / 分子数: 2 / Fragment: U1A RNA BINDING DOMAIN / Mutation: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#4: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: MPD, calcium Chloride, ammonium chloride, meta-ammonium vanadate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 300K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CaCl211
2NH4Cl11
3meta-ammonium vanadate11
4MPD11
5CaCl212
6NH4Cl12
7MPD12

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 57194 / Num. obs: 57194 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HP6

1hp6
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: Engh & Huber, Parkinson et al.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 5513 9.6 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 57194 99.5 %-
all-57194 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.9379 Å2 / ksol: 0.32267 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 81.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.08 Å20 Å218.44 Å2
2---5.36 Å20 Å2
3----0.72 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.39 Å / Luzzati sigma a free: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1519 4818 37 198 6572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.393
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.345.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.726.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 944 10.1 %
Rwork0.37 8441 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMDNA_RNA_NEW.
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REPDWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る