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万見
- PDB-1m56: Structure of cytochrome c oxidase from Rhodobactor sphaeroides (W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m56
タイトルStructure of cytochrome c oxidase from Rhodobactor sphaeroides (Wild Type)
要素(CYTOCHROME C ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Membrane Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / copper ion binding / heme binding ...aerobic electron transport chain / respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit IV, bacterial aa3 type / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase subunit III domain ...Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit IV, bacterial aa3 type / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / COPPER (II) ION / HEME-A / Cytochrome c oxidase subunit 1 / cytochrome-c oxidase / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Aa3-type cytochrome c oxidase subunit IV
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Svensson-Ek, M. / Abramson, J. / Larsson, G. / Tornroth, S. / Brezezinski, P. / Iwata, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The X-ray crystal structures of wild-type and EQ(I-286) mutant cytochrome c oxidases from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Svensson-Ek, M. / Abramson, J. / Larsson, G. / Tornroth, S. / Brzezinski, P. / Iwata, S.
履歴
登録2002年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年6月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C OXIDASE
B: CYTOCHROME C OXIDASE
C: CYTOCHROME C OXIDASE
D: CYTOCHROME C OXIDASE
G: CYTOCHROME C OXIDASE
H: CYTOCHROME C OXIDASE
I: CYTOCHROME C OXIDASE
J: CYTOCHROME C OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,27334
ポリマ－256,3758
非ポリマー12,89826
水7,855436
1
A: CYTOCHROME C OXIDASE
B: CYTOCHROME C OXIDASE
C: CYTOCHROME C OXIDASE
D: CYTOCHROME C OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,63617
ポリマ－128,1874
非ポリマー6,44913
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30030 Å2
ΔGint-342 kcal/mol
Surface area37240 Å2
手法PISA
2
G: CYTOCHROME C OXIDASE
H: CYTOCHROME C OXIDASE
I: CYTOCHROME C OXIDASE
J: CYTOCHROME C OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,63617
ポリマ－128,1874
非ポリマー6,44913
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30070 Å2
ΔGint-345 kcal/mol
Surface area37250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)340.360, 340.360, 89.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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CYTOCHROME C ... , 4種, 8分子 AGBHCIDJ

#1: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 63195.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P33517, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 29385.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: Q03736, cytochrome-c oxidase
#3: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE / cytochrome-c oxidase chain III


分子量: 30197.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P84153, cytochrome-c oxidase
#4: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE


分子量: 5409.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8KRK5, cytochrome-c oxidase

-
非ポリマー , 6種, 462分子

#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#9: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris-HCl1droppH8.0
20.24 %decyl maltoside1drop
310-20 mg/mlprotein1drop
418-22 %PEG4001reservoir
550-150 mM1reservoirNaCl
6100 mMsodium citrate1reservoirpH6.0
710 mMTris1reservoir
80.24 %decylmaltoside1reservoir
92.5-3 %heptanetriol1reservoir
1020 mM1reservoirMgCl2
110.014 %dodecylmaltoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 119260 / Num. obs: 232383 / % possible obs: 69.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 36
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 119260 / Num. measured all: 232383 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 36 % / Num. unique obs: 7880 / Num. measured obs: 20048 / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.275 1193 Random
Rwork0.236 --
all0.236 119260 -
obs0.236 119260 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17636 0 862 436 18934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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