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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m4w | |||||||||
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タイトル | Thermophilic b-1,4-xylanase from Nonomuraea flexuosa | |||||||||
要素 | endoxylanase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / xylanase / glycosyl hydrolase / family 11 / thermostability | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polysaccharide binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermopolyspora flexuosa (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Hakulinen, N. / Turunen, O. / Janis, J. / Leisola, M. / Rouvinen, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2003 タイトル: Three-dimensional structures of thermophilic beta-1,4-xylanases from Chaetomium thermophilum and Nonomuraea flexuosa. Comparison of twelve xylanases in relation to their thermal stability. 著者: Hakulinen, N. / Turunen, O. / Leisola, M. / Rouvinen, J. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE At the time of processing, there was no database sequence available for this protein. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m4w.cif.gz | 53.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m4w.ent.gz | 40 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m4w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m4w_validation.pdf.gz | 739.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1m4w_full_validation.pdf.gz | 740.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1m4w_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m4w_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21802.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermopolyspora flexuosa (バクテリア) 発現宿主: Hypocrea jecorina (菌類) 参照: GenBank: 23337128, UniProt: Q8GMV7*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase |
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.8 M Ammonium sulphate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月20日 / 詳細: MSC Confocal Blue |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→99 Å / Num. obs: 8541 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rsym value: 0.293 / % possible all: 92.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 48587 / Rmerge(I) obs: 0.107 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.8 % / Rmerge(I) obs: 0.293 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ENX 解像度: 2.1→99 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→99 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS
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