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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m4r | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN INTERLEUKIN-22 | ||||||
要素 | Interleukin-22インターロイキン-22 | ||||||
キーワード | CYTOKINE (サイトカイン) / interleukin-22 (IL-22) / interleukin-10 (IL-10) / interferon-gamma (インターフェロンγ) / cytokines | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 interleukin-22 receptor binding / Interleukin-20 family signaling / response to glucocorticoid / cytokine activity / acute-phase response / negative regulation of inflammatory response / 炎症 / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Nagem, R.A.P. / Colau, D. / Dumoutier, L. / Renauld, J.-C. / Ogata, C. / Polikarpov, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of Recombinant Human Interleukin-22 著者: Nagem, R.A.P. / Colau, D. / Dumoutier, L. / Renauld, J.-C. / Ogata, C. / Polikarpov, I. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Crystallization and Synchrotron X-ray Diffraction Studies of Human Interleukin-22 著者: Nagem, R.A.P. / Lucchesi, K.W. / Colau, D. / Dumoutier, L. / Renauld, J.-C. / Polikarpov, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m4r.cif.gz | 68.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m4r.ent.gz | 55.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m4r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17155.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codon plus-(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9GZX6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.9 sodium tartrate, TRITON X-100 detergent, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→21.72 Å / Num. all: 18125 / Num. obs: 16349 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 82.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 21.7 Å / Num. obs: 16382 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.8 % / Num. measured all: 61846 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→21.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1118732.49 / Data cutoff high rms absF: 1118732.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.9772 Å2 / ksol: 0.38446 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→21.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 21.7 Å / Num. reflection all: 15684 / Num. reflection obs: 14892 / Num. reflection Rfree: 792 / Rfactor Rfree: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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