ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MAR345 | | データ収集 | SCALEPACK | | データスケーリング | SHARP | | 位相決定 | CNS | 1.1 | 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→21.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1118732.49 / Data cutoff high rms absF: 1118732.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.22 | 791 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.188 | - | - | - |
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all | 0.19 | 15683 | - | - |
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obs | 0.19 | 15683 | 89.3 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.9772 Å2 / ksol: 0.38446 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 4.58 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -1.25 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -3.33 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.24 Å | 0.2 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.19 Å | 0.17 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→21.72 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2330 | 0 | 0 | 189 | 2519 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d19.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.77 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.36 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.1 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.16 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.31 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.245 | 55 | 4.7 % |
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Rwork | 0.219 | 1845 | - |
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obs | - | 1295 | 75 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | CIS_PEPTIDE.PARAM | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 21.7 Å / Num. reflection all: 15684 / Num. reflection obs: 14892 / Num. reflection Rfree: 792 / Rfactor Rfree: 0.22 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg19.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.77 | | | | | |
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