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万見
- PDB-1m4d: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycobacterium tubercul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m4d
タイトルAminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycobacterium tuberculosis-Complex with Coenzyme A and Tobramycin
要素Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / COA BINDING MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase activity / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TOBRAMYCIN / Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Javid-Majd, F. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase from Mycobacterium tuberculosis in complex with coenzyme A and aminoglycoside substrates.
著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Javid-Majd, F. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Overexpression and Mechanistic Analysis of Chromosomally Encoded Aminoglycoside 2'-N-Acetyltransferase (AAC(2')-Ic) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Hegde, S.S. / Javid-Majd, F. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2002年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
B: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1057
ポリマ－40,1272
非ポリマー2,9775
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.700, 86.600, 98.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer, as contained in the assymetric unit

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase / Aminosugar N-Acetyltransferase / AAC(2')-IC


分子量: 20063.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A5N0, UniProt: P9WQG9*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL / トブラマイシン


分子量: 467.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37N5O9 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-PAP / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′-りん酸5′-二りん酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Sulfate, ADA, Coenzyme A, Tobramycin, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mMCoA11
220 mMaminoglycoside11
3100 mMADA11pH6.5
40.8 Mammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月2日 / 詳細: Confocal Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 39334 / Num. obs: 38420 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 4294 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 93.8
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.036
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.238

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M44

1m44


解像度: 1.8→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1922 5 %random
Rwork0.174 ---
all0.174 38420 --
obs0.174 38420 97.7 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.173 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2783 0 191 236 3210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.105
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0237
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 231 -
Rwork0.241 --
obs-4538 92 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.174 / Rfactor Rfree: 0.211 / Rfactor Rwork: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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