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万見
- PDB-1m41: Crystal structure of Escherichia coli alkanesulfonate monooxygena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m41
タイトルCrystal structure of Escherichia coli alkanesulfonate monooxygenase SsuD at 2.3 A resolution
要素FMNH2-dependent alkanesulfonate monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FMNH2-dependent monooxygenase / SsuD / TIM-barrel / sulfate starvation / sulfur assimilation / desulfonation / alkanesulfonate / oxygenase / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


alkanesulfonate monooxygenase complex / alkanesulfonate monooxygenase / cellular response to sulfur starvation / alkanesulfonate monooxygenase activity / alkanesulfonate catabolic process / response to heat / protein homotetramerization / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Alkanesulphonate monooxygenase, FMN-dependent / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkanesulfonate monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Eichhorn, E. / Davey, C.A. / Sargent, D.F. / Leisinger, T. / Richmond, T.J.
引用ジャーナル: J.mol.biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli Alkanesulfonate Monooxygenase SsuD
著者: Eichhorn, E. / Davey, C.A. / Sargent, D.F. / Leisinger, T. / Richmond, T.J.
履歴
登録2002年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMNH2-dependent alkanesulfonate monooxygenase
B: FMNH2-dependent alkanesulfonate monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3042
ポリマ－83,3042
非ポリマー00
水5,585310
1
A: FMNH2-dependent alkanesulfonate monooxygenase
B: FMNH2-dependent alkanesulfonate monooxygenase

A: FMNH2-dependent alkanesulfonate monooxygenase
B: FMNH2-dependent alkanesulfonate monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,6084
ポリマ－166,6084
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)116.350, 140.760, 125.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-249-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, y, -z+1/2

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要素

#1: タンパク質 FMNH2-dependent alkanesulfonate monooxygenase


分子量: 41651.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ssuD / プラスミド: pET-24a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P80645, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14-5 mg/mlprotein1drop
21.75 Msodium formate1drop
33.5 Msodium formate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9795
シンクロトロンESRF ID14-420.9797, 0.9795, 0.9322
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2001年4月30日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年4月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97971
30.93221
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 44869 / Num. obs: 44511 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.41 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6348 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
最低解像度: 24.7 Å / Num. obs: 44869 / % possible obs: 97.3 % / Num. measured all: 752595
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 2032 2.4 %random
Rwork0.235 ---
all0.236 88233 --
obs0.236 83304 94.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.49 Å2--
2--9.45 Å2-
3----3.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5098 0 0 310 5408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.16
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 212 2.7 %
Rwork0.393 7604 -
obs-7816 88.1 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 2.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.16
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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