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万見
- PDB-1m40: ULTRA HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF TEM-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m40
タイトルULTRA HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF TEM-1
要素BETA-LACTAMASE TEM
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / ACYLATION MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CB4 / : / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Minasov, G. / Wang, X. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: An ultrahigh resolution structure of TEM-1 beta-lactamase suggests a role for Glu166 as the general base in acylation.
著者: Minasov, G. / Wang, X. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2002年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年7月17日ID: 1L7U
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE NUMBERING IS NOT SEQUENTIAL. NUMBERS 239 AND 253 ARE NOT USED IN THE COORDINATES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6839
ポリマ－28,9121
非ポリマー7718
水10,196566
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.313, 61.641, 89.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE TEM / TEM-1


分子量: 28911.904 Da / 分子数: 1 / 変異: M182T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / プラスミド: pAlter EX II - TEM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SF120 / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CB4 / PINACOL[[2-AMINO-ALPHA-(1-CARBOXY-1-METHYLETHOXYIMINO)-4-THIAZOLEACETYL]AMINO]METHANEBORONATE / 2-メチル-2-[[[1-(2-アミノ-4-チアゾリル)-2-[[(ジヒドロキシボリル)メチル]アミノ]-2-オキソエ(以下略)


分子量: 330.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15BN4O6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: sodium-potassium buffer, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlenzyme1drop
22.5 mMcompound 11drop
30.65 Msodium potassium phosphate1droppH8.0
41.4 Msodium potassium phosphate1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.7999
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.85→15 Å / Num. all: 200302 / Num. obs: 200302 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 0.85→0.87 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 13237 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 1143489
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. unique obs: 13237 / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JWP

1jwp


解像度: 0.85→10 Å / Num. parameters: 36034 / Num. restraintsaints: 76566 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: KONNERT-HENDRICKSON CONJUGATE-GRADIENT ALGORITHM USED IN REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.112 6015 -RANDOM
Rwork0.091 ---
all-199928 --
obs-199928 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9345 Å20 Å20 Å2
2--0.9147 Å20 Å2
3---0.7803 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 448 / Occupancy sum hydrogen: 1684 / Occupancy sum non hydrogen: 2507.95
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5712 0 57 707 6476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.093
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.098
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.071
LS精密化 シェル解像度: 0.85→0.878 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 534 -
Rwork0.18 --
obs-17797 97.06 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.1117 / Rfactor Rwork: 0.091
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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